1．各种传染病的研究，豚鼠对很多致病菌和病毒十分敏感。是进行各种传染性疾病研究的重要实验动物。如结核、白喉、鼠疫、钩端螺旋体、疱疹病毒病、链杆菌、副大肠杆菌病、旋毛虫病、布氏杆菌、斑疹伤寒、炭疽等细菌性疾病和Q热、淋巴细胞性脉络丛脑膜炎等病毒性疾病均常选用豚鼠来进行研究。
2．细菌性和病毒性传染病的实验诊断；结核病、白喉、布氏杆菌病、Q热、淋巴细胞性脉络丛脑膜炎等疾病的实验诊断常选用豚鼠来进行。如豚鼠对人型的结核杆菌极为敏感，常用作结核病的确诊。将肾结核患者的尿液接种于豚鼠体内，如豚鼠出现结核病症状即确定为结核阳性。血清学诊断上的“补体”就是由豚鼠血清制成的，常用补体结合试验来进行实验诊断。
3．药理学研究：豚鼠对某些药物极为敏感，因此它是研究这些药物的“专门动物”。例如豚鼠对组织胺极敏感，所以很适合作平喘药和抗组织胺药的研究；豚鼠对人型结核杆菌具有高度的敏感性，因此常用作抗结核病药物的药理学研究。
4．营养学研究：是进行维生素C研究的重要动物。豚鼠体内不能合成维生素C，对维生素C缺乏十分敏感，如果饲料中缺乏时，很快会出现一系列坏血病症状，是目前唯一用于研究实验性坏血病的动物。
5．过敏反应或变态反应的研究：因为豚鼠易于过敏，最适合进行这方面研究。如给豚鼠注射马血清很容易复制成过敏性休克动物模型。常用实验动物接受致敏物质的反应程度不同，其顺序为：豚鼠>家兔>狗>小鼠>猫>蛙。
6．适于观察出血和血管通透性变化的实验：豚鼠的血管反应敏感，出血症状显著。如辐射损伤引起的出血综合征在豚鼠表现得最明显，狗也相当显著，猴和家兔中等，而小鼠和大鼠很少见。
7．内耳疾病的研究：豚鼠的耳窝管对声波极为敏感。特别对700～2000周/秒纯音最敏感。常选用豚鼠进行若干内耳疾病的研究。
8．毒物对皮肤局部作用实验：豚鼠和家兔皮肤对毒物刺激反应灵敏，其反应近似于人。
9．豚鼠对缺氧的耐受性强，适于作缺氧耐受性和测量耗氧量实验。
10．实验性肺水肿实验：切断豚鼠颈部两侧迷走神经可以复制典型的急性肺水肿动物模型，症状比其它动物更明显。
11．动物代血浆的研究也常选用豚鼠。
