黄氏治疗咳嗽，用药主张轻灵为贵，不主张药量过大，妄投辛散、酸敛或重浊之剂。因肺在上焦，上焦如羽，非轻不举，轻清灵动之品可以开达上焦。黄氏还强调祛邪的重要性，认为治疗咳嗽不能留有一分邪气，若邪气未清，即投以大剂养阴润肺或止咳之品，则邪气必然恋肺，滋生他变。黄氏治疗咳嗽的常用方法有：
1、宣肺
宣通肺中痰滞，发散外邪。黄氏认为，不管咳嗽新久，有邪即要“宣”，使肺络宣通，外邪得去，咳嗽始能平息。如但见咳嗽，不辨有邪无邪，只用止咳化痰之品，则风邪恋肺，咳嗽亦不能止。宣肺的代表方为三拗汤。
黄氏常用的宣通药有桔梗、甘草等（偏热者还可用射干）。咳嗽音哑者，可加胖大海、玉蝴蝶、凤凰衣等，以宣肺开音，发散药轻者有荆芥、防风、前胡等（偏热者还可用蝉衣、牛蒡子）；重者有麻黄、桂枝。同样是发散药，又有表实、表虚之不同。表实无汗者用麻黄；表虚汗出者用桂枝，两者当有所区别。
2、温肺
治疗风寒咳嗽，温肺药每与宣肺同用，使风寒之邪外达，则咳嗽可止。温肺的代表方为杏苏散。常用药有金沸草（旋覆梗）、紫菀、款冬花等。如咳嗽气急不平者，用麻黄、桂枝，以温肺平喘；如痰多白沫，舌苔白腻者，用细辛、生姜或干姜，以温肺化饮。
3、清肺
寒包火、风热及燥热咳嗽均要用清肺药。黄氏认为寒包火之咳嗽，一是风寒束肺，肺热内蕴所引起；一是风寒化热，寒热夹杂所致。其主症为阵咳，咳而不爽，咯痰不畅，口干，舌边尖红，苔薄白或微黄。治疗当宣肺与清肺同用，即《内经》所谓“火郁发之”之意。常用的清肺药有桑叶、桑白皮、地骨皮、炙马兜铃、枇杷叶、茅根、芦根、黄芩、生石膏等。因肺为清虚之脏，故清肺药亦宜轻清为佳。石膏质地虽重，但生者有清透之性，既能清胃热，也有清肺热的作用，在肺热较重时也可选用。如麻杏石甘汤中的石膏主要就是用来清肺热的。清肺的代表方为泻白散。
4、润肺
肺热不清，则进一步为灼伤津液，而见口干咽燥、咳嗽少痰、不易咯出、舌红等症。又因肺与大肠相表里，肺热伤津，则肠液亦少，故还可出现大便秘结。黄氏认为寒包火之咳嗽，即使出现肺热伤津之证，亦不可早用润肺药。过早应用麦冬等，容易使外被遏，不易外达，而咳嗽亦不易痊愈。黄氏常用的润肺药有沙参、麦冬、玉竹、瓜蒌等。
5、肃肺
为肃降之意。因肺为清虚之脏，所以肺气宜降则和。黄氏不主张在咳嗽初期用肃肺药，否则可使外邪恋肺，咳嗽不易速愈。但咳嗽初起，如咳呛较剧，无痰或少痰时，也可宣肺药与肃肺同用，这样既使外邪有出路，又不致损伤肺气。黄氏常用的肃肺药有炙苏子、白前、海蛤壳、海浮石等。他如紫菀、款冬之类，亦有温肺、肃肺的作用，均可选用。其代表方为止嗽散。实践证明该方确是治疗咳嗽有效的方剂，对慢性咳嗽尤佳，无论有邪无邪均可应用并无留邪之弊。如咳呛较剧，而用药无效时，还可加用天竺子，腊梅花、罂粟壳等以加强肃肺止咳的作用，但罂粟壳含有吗啡、罂粟碱，只能用于剧咳日久、咳而无痰者，同时必须中病即止，不可久用。如咳嗽剧烈属痰浊恋肺者，万勿轻率使用，以免导致痰壅气窒之弊。
除上述方法之外，对于迁延日久，痰多苔腻、神疲乏力、动则自汗之风寒或风热挟湿者，则应着重用化湿药，如平胃散之类，此时不可过早应用补气之品。对于阵咳较剧，甚则胸胁疼痛、烦躁、不咳时如常人之肝火犯肺者，则应着重用清肝之品，如黄芩、山栀、黛蛤散之类。咳嗽日久，肺气不能肃降，肾气不能摄纳，以至动则喘甚，治疗当培补肺肾。偏于肺虚者以生脉散为主方；偏于肾虚者以肾气丸为主方。
