原核细胞中每种mRNA分子常带有多个功能相关蛋白质的编码信息，以一种多顺反子的形式排列，在翻译过程中可同时合成几种蛋白质，而真核细胞中，每种mRNA一般只带有一种蛋白质编码信息，是单顺反子的形式。mRNA以它分子中的核苷酸排列顺序携带从DNA传递来的遗传信息，作为蛋白质生物合成的直接模板，决定蛋白质分子中的氨基酸排列顺序。不同的蛋白质有各自不同的mRNA，mRNA除含有编码区外，两端还有非编码区。非编码区对于mRNA的模板活性是必需的，特别是5’端非编码区在蛋白质合成中被认为是与核糖体结合的部位。见图18-2。
图18-2 (a)原核生物mRNA)为多顺反子(b)真核生物mRNA为单顺反子
mRNA分子上以5'→3'方向,从AUG开始每三个连续的核苷酸组成一个密码子,mRNA中的四种碱基可以组成64种密码子。这些密码不仅代表了20种氨基酸，还决定了翻译过程的起始与终止位置。每种氨基酸至少有一种密码子，最多的有6种密码子。从对遗传密码性质的推论到决定各个密码子的含义，进而全部阐明遗传密码，是科学上最杰出的成就之一，科学家们设计了十分出色的遗传学和生物化学实验，于1966年编排出了遗传密码字典。见表18-1。
表18-1 氨基酸的密码（code）
| 5’末端（第1位碱基） | 中间碱基（第二位碱基） | 3’末端（第三位碱基） | |||
| U | C | A | G | ||
| U | 苯丙（Pne）F | 丝(Ser)S | 酪(Tyr)Y | 半胱(Cys)C | U |
| 苯内(Pne) | 丝(Ser) | 酪(Tyr) | 半胱(Cys) | C | |
| 亮(Leu)L | 丝(Ser) | 终止信号 | 终止信号 | A | |
| 亮(Leu) | 丝(Ser) | 终止信号 | 色(Trp) | G | |
| C | 亮(Leu) | 脯（Pro）P | 组（His）H | 精（Arg）R | U |
| 亮(Leu) | 脯（Pro） | 组（His） | 精（Arg） | C | |
| 亮(Leu) | 脯（Pro） | 谷胺（Gin）Q | 精（Arg） | A | |
| 亮(Leu) | 脯（Pro) | 谷胺（Gin） | 精（Arg） | G | |
| A | |||||
| 异亮（ILe）I | 苏（Thr）T | 天胺（Asn）N | 丝(Ser)S | U | |
| 异亮（ILe） | 苏（Thr） | 天胺（Asn） | 丝(Ser) | C | |
| 异亮（ILe） | 苏（Thr） | 赖（Lys）K | 精（Arg）R | A | |
| *蛋（Met）M(起动信号) | 苏（Thr） | 赖（Lys） | 精（Arg） | G | |
| G | |||||
| 缬（Val）V | 丙（Ala）A | 天（Asp）D | 甘（Gly）G | U | |
| 缬（Val） | 丙（Ala） | 天（Asp） | 甘（Gly） | C | |
| 缬（Val） | 丙（Ala） | 谷（Glu）E | 甘（Gly） | A | |
| 缬（Val） | 丙（Ala） | 谷（Glu） | 甘（Gly） | G | |
*位于mRNA起动部位AUG为氨基酸合成肽链的起动信号。以哺乳动物为代表的真核生物，此密码子代表蛋氨酸；以微生物为代表的原核生物则代表甲酰蛋氨酸。
遗传密码具有以下几种特点：
（1）起始码与终止码（Initiation codon and termination codon）:
密码子AUG是起始密码，代表合成肽链的第一个氨基酸的位置，它们位于mRNA5′末端，同时它也是蛋氨酸的密码子，因此原核生物和真核生物多肽链合成的第一个氨基酸都是蛋氨酸，当然少数细菌中也用GUG做为起始码。在真核生物CUG偶尔也用作起始蛋氨酸的密码。密码子UAA，UAG，UGA是肽链成的终止密码，不代表任何氨基酸，它们单独或共同存在于mRNA3’末端。因此翻译是沿着mRNA分子5′→3′方向进行的。
（2）密码无标点符号：两个密码子之间没有任何核苷酸隔天，因此从起始码AUG开始，三个碱基代有一个氨基酸，这就构成了一个连续不断的读框，直至终止码。如果在读框中间插入或缺失一个碱基就会造成移码突变，引起突变位点下游氨基排列的错误。
（3）密码的简并性（Degemeracy）：
一种氨基酸有几组密码子，或者几组密码子代表一种氨基酸的现象称为密码子的简并性，这种简并性主要是由于密码子的第三个碱基发生摆动现象形成的，也就是说密码子的专一性主要由前两个碱基决定，即使第三个碱基发生突变也能翻译出正确的氨基酸，这对于保证物种的稳定性有一定意义。如：GCU，GCC，GCA，GCG都代表丙氨酸。
（4）密码的通用性：
大量的事实证明生命世界从低等到高等，都使用一套密码，也就是说遗传密码在很长的进化时期中保持不变。因此这张密码表是生物界通用的。然而，出乎人们预料的是，真核生物线粒体的密码子有许多不同于通用密码，例如人线粒体中，UGA不是终止码，而是色氨酸的密码子，AGA，AGG不是精氨酸的密码子，而是终止密码子，加上通用密码中的UAA和UAG，线粒体中共有四组终止码。内部甲硫氨酸密码子有两个，即AUG和AUA；而起始甲硫氨酸密码子有四组，即AUN。
密码子结构与氨基酸侧链析性之间也有一定关系。①氨基酸侧链极性性质在多数情况下由断面子的第二个碱基决定。第二个碱基为嘧啶（Y）时，氨基酸侧链为非极性，第二个碱基为嘌呤时，氨基酸侧链则有极性。②当第一个碱基为U或A，第二个碱基为C，第三个碱基无特异性时，所决定的氨基酸侧链为极性不带电。③当第一个碱基不是U，第二个碱基是P时，氨基酸侧链则带电。在此前提下，若是一个是C或A时，表示带正电的氨基酸，第一、二个碱基分别是G、A时，此种氨革酸带负电，但上述关系也有个别例外。
一种氨基酸由多种密码子所编码的事实使人想到：同一种氨基酸的一组密码子的使用频率是否相同？许多实验证实，在原核生物和高等真核生物中同一组密码子的使用频率是不相同的。高频密码子多出现在那些表达量高的蛋白质基因中，例如，核糖体蛋白质基因，RecA蛋白质基因等。表18-2。这种使用频率与细胞内一组tRNA中的不同tRNA含量有关。
