核酸是由很多单核苷酸聚合形成的多聚核苷酸(polynucleotide),DNA的一级结构即是指四种核苷酸(dAMP、dCMP、dGMP、dTMP)按照一定的排列顺序,通过磷酸二酯键连接形成的多核苷酸,由于核苷酸之间的差异仅仅是碱基的不同,故又可称为碱基顺序。核苷酸之间的连接方式是:一个核苷酸的5′位磷酸与下一位核苷酸的3′-OH形成3′,5′磷酸二酯键,构成不分支的线性大分子,其中磷酸基和戊糖基构成DNA链的骨架,可变部分是碱基排列顺序。核酸是有方向性的分子,即核苷酸的戊糖基的5′位不再与其它核苷酸相连的5′末端,以及核苷酸的戊糖基3′位不再连有其它核苷酸的3′末端,两个末端并不相同,生物学特性也有差异。
寡核苷酸(oligonucleotide)是指二至十个甚至更多个核苷酸残基以磷酸二酯键连接而成的线性多核苷酸片段。目前多由仪器自动合成而用作DNA合成的引物(Primer)、基因探针(probe)等,在现代分子生物学研究中具有广泛的用途。
表示一个核酸分子结构的方法由繁至简有许多种(图15-2)。由于核酸分子结构除了两端和碱基排列顺序不同外,其它的均相同。因此,在核酸分子结构的简式表示方法中,仅须注明一个核酸分子的哪一端是5′末端,哪一端是3′末端,末端有无磷酸基,以及核酸分子中的碱基顺序即可。如未特别注明5′和3′末端,一般约定,碱基序列的书写是由左向右书写,左侧是5′末端,右侧为3′末端。
图15-2 核酸分子结构的表示方式