于氏认为中医治疗疾病，尤其是肿瘤，辨证论治是关键，它能全面、深刻、正确地了解疾病性质从而确定相应的治疗。它是中医学认识疾病和治疗疾病的基本原则，是中医学对疾病的一种特殊的研究和处理方法，是中医学的基本特色之一，其不同于头痛医头，脚痛医脚的普通施治方法，而是“治病必求其本”的大法。依据中医理论，按照癌肿病人所表现出的不同症状、舌象、脉象和其它体征，进行辨证归纳分析，寻求“病因”，加以综合治疗，是中医在恶性疾患和疑难杂症中具备的优势。肿瘤和中医的“证”同时存在于同一患者体内，必定有其内在联系。有癌瘤先出现，使宿主体内引起一系列生理病理改变，成为证；也有宿主体内先起某些变化，有了证，在此基础上逐渐发展成癌；或者，某些因子同时促成癌和证。无论怎样，通过辨证论治，具有其遵循的规律。
虽然极早期的少数病人可能会无症状，无脉象，舌象方面的异常，如同常人，但绝大部分患者，特别是晚期患者，可以出现众多的错综复杂的症状，就要抓住主证和主要环节，即主要矛盾和矛盾的主要方面，予以辨证，确立病机，然后论治。不能墨守某一个“秘方”或抗癌中草药，希冀能起死回生。以肝癌为例，中医可有不同的分型：脾虚可表现为乏力，面色萎黄，便溏，舌淡脉濡； 气滞则腹胀纳呆；湿热有目黄尿赤，苔黄腻，舌红脉滑数；血瘀见肝区疼痛，舌黯带瘀斑，阴虚则舌绛而干，苔剥脉细数等。不同的肝癌病人，或者同一肝癌病人在不同时期，会出现不同症状，治疗各不相同。脾虚予香砂六君子汤加减；气滞用枳实消痞汤加减，湿热予茵陈蒿汤加减；血瘀用失笑散加减；阴虚予一贯煎加减等；再如同一肿瘤的贫血症状，轻者治以补气，如黄芪，枸杞子；中者治以补脾，如党参，山药；重者治以补肾，如龟版，鹿角霜。因为轻者补气即能生血，其次光靠补气不行，补脾则生化气血精微，再重则病及肾，骨髓造血不畅，肾主骨，非补肾不足以生血。同样不同的肿瘤表现出同一病机，治疗可以相同。如胃癌，肝癌，乳腺癌等都可有气滞，通常予柴胡疏肝散调畅气机则会有效，这种同病异治和异病同治是辨证论治的精神实质。把肿瘤治疗辨证和辨病互参，是辨证论治在临床实际应用和灵活应用的具体体现。
另外，首诊辨证论治的正确与否，直接影响到患者的治疗效果。一方面为今后的变证辨证打下基础，观察到病程变化的确切病机，可合理地进行方药的加减化裁，反过来也影响患者对医生的信任程度和配合力度。故而每个症状、舌象、脉象都要细察，寻本求源。
