婴儿肛瘘多是新生儿腹泻，污染肛周，以致肛旁脓肿，穿溃出脓而成。有的肛瘘未经及时治疗，或反复感染，可形成多发性肛瘘或复杂性肛瘘。
本病多发生在出生一个月左右的新生儿，新生儿肛周皮肤娇嫩，肛门括约肌较松宽，容易被粗糙的尿布擦伤，或引起粘膜外翻而损伤。特别是患腹泻或患肛周皮肤湿疹、尿布皮炎时，更容易引起肛周感染而继发肛瘘。祖国医学认为，婴儿机体柔弱，血气未充，脏腑未坚，稚阴稚阳，易为六淫侵袭，在病理上有易虚易实、易热易寒，容易为外邪所感染的特点。免疫学的成果显示，体液免疫IgM可以控制革兰氏阴性杆菌（如大肠杆菌）的感染，而体液免疫是不能从胎盘由母亲传输的，新生儿的IgM含量又很低。仅为成人的1/7，可见新生儿对革兰氏阴性杆菌的抵抗能力特别低，肛周容易为大肠杆菌所感染。婴儿肛瘘好发部位多在3点、9点附近，这可能是肛旁两侧容易受尿布擦伤或粘膜容易外翻，因此容易感染。
由于婴儿不能配合手术，故要求医者手术操作宜轻柔，快速，娴熟。术后肛管直肠受到刺激，发生腹泻、便次增多，这不但增加了护理和清洗创口、换药的复杂性，更易并发感染而新生肛瘘。由于换药次数增多，创口经常受擦拭刺激，影响创口上皮组织生长，换药棉絮填嵌引流不当，易引起肉芽过度生长和桥形愈合，所以，术后换药和护理是相当重要的。
鉴于以上诸多原因，习惯上认为，婴儿肛瘘宜采取保守治疗为主。待10岁以后再行手术。但是由于不及时做手术，一旦瘘管外口堵塞，再度感染，可形成多发性和复杂性肛瘘，加上婴儿免疫机能不全，补体不足，白细胞趋化能力弱等因素，肛周容易发生革兰氏阴性杆菌感染，感染后很不容易控制，因此，婴儿肛瘘应进行早期彻底治疗。对于婴儿低位单纯肛瘘可在局麻下作切开疗法，高位肛瘘宜切开皮肤后，将括约肌组织用橡皮筋挂线，这些与成人肛瘘的处理原则是相同的。但是,婴儿肌肉娇嫩,挂线宜宽松些,即便如此,橡皮筋脱落时间也较成人短,术后用棉絮擦九一丹(而不用八二丹)松松填嵌创口,约5天后改用白玉膏生肌散棉嵌,直至创口痊愈。影响创口愈合因素:(1)创口擦拭过多。(2)创口换药揩擦过重。(3)未掌握换药要领，发生创口桥性愈合。(4)婴儿湿疹、肛周过敏性皮炎等也会影响创口愈合时间。如术后发生肛周皮炎湿疹者，可停用红油膏、九一丹，改用青黛膏、青黛散棉嵌，发现桥性愈合，应及时予以修除。
典型病例：
石××，男，1983年11月18日出生，1984年2月27日就诊，患儿出生未满月，腹泻每日5-6次，引起肛旁红肿感染，范围及左半侧肛门，经外院多种抗生素治疗，炎症迁延一个半月，方穿溃出脓，形成较复杂的弯形肛瘘，查：截石位2点距肛缘1.5cm处有一溃口，管道自该溃口向后，至5点位弯形通入肛内，管道全长约3.5cm，当日在局麻下行切开加挂线术，先切开2点至5点肛瘘管道，然后由5点通向肛门，作橡皮筋挂线术。术后3天橡皮筋脱落，创口用红油膏、九一丹棉嵌5天，改用白玉膏、生肌散棉嵌至创口痊愈。术后并发腹泻，每日7～8次，予淮山药粉9g/日，服7天腹泻止，治疗18天痊愈。3月后随访，创口愈合良好。
