客邪侵入人体，体内正气势必起来抗争，根据邪势和正气的盛衰变化，必然会出现各种复杂多变的证候。伤寒六经，就是从整体出发，根据所产生的各种证候特点，正气强弱，受邪轻重，病位深浅，以及病情的缓急，进行分析归纳，组成6个不同的证候类型；而五段之说则是把邪正相争分成5个不同的阶段。这5个阶段即太阳为开始抵抗，少阳为抵抗不济，阳明为抵抗太过，太阴、少阴为抵抗不足，厥阴为最后之抵抗。一切外感，足以激起正气之抵抗者，皆不出此五种阶段。
人体对外邪侵袭有自愈康复的能力，祝氏称其为自然疗能。五段说的特点是从邪正相争的角度，调整太过与不及，使正复邪退而病愈。体现了应顺人体自然疗能的学术思想，它使“六经”邪正相争的本质更明朗化、具体化，更加容易理解与掌握。
第一阶段，开始抵抗：太阳之为病，是正气受到邪气刺激而开始抵抗。开始，寒邪侵袭体表，固束放温，则发热无汗，法当表散，麻黄桂枝主之。风邪刺激放温，则自汗而热，法当解肌，桂枝白芍主之。
至于合病，也是表示人体抵抗能力盛衰的符号。外邪入侵，人体正气奋起与邪抗争，能恰到好处，名曰适度抵抗，即所谓太阳伤寒，若抵抗断断续续，未能完成其任务，即所谓太阳少阳。至于其抵抗超越正常自卫之目的，邪机为之激化，正气为之扰乱，此即太阳阳明。
第二阶段，抵抗不济：少阳之为病，是抵抗时断时续，邪机屡进屡退，抵抗之力未能相继，太阳伤寒，正气开始抵抗，若医者未能及时治疗则转入少阳，有二种情况：一是人体本身气机受障，正气不能及时发挥作用。二是医生不当清而妄清之，则使抵抗不济，因寒凉伤其正也。故曰：太阳偏清，则为少阳。如果太阳偏温，不当扶掖而扶掖之，则为抵抗太过，可转为阳明。因此阳明可清，而太阳不可清。如少阳伤寒未经药误，而其正气不足以敌邪，此正气未能协调，多与身体气机障碍有关，法当和解。和者，和协之气；解者，解除其障碍。柴胡宣畅气血，散结调经，为少阳去障和解之专药。再结合其它各药，辨证诱导治之。诱导疗法主要纠正人体正气的偏用，如少阳伤寒，正气未以能协调，应偏而导之。对应偏而未偏者，如表应充而不充，汗出不畅，用麻、桂、柴、葛，诱导气血向体表。不应偏而偏者，如溏渴多溺，机能偏于下，则用葛根升提诱导气血上行，即《内经》“高者抑之，下者举之”之谓也。
第三阶段，抵抗太过：阳明伤寒，为正气抗邪太过。此多发于体实气盛之人，所谓阳明之体也，其正气反应过猛，形成抵抗太过，也有医生失治造成，如壮实之人，气盛血旺，热之不当，造成邪机益亢；或急暴之病，气壅血乱，补之不当，造成邪机益张，或应汗不汗，造成气机闭遏，里热不宣；或应下不下，造成积滞逗留，郁蒸内燔。均因药误而成阳明。
阳明病有太阳阳明、少阳阳明、正阳阳明之分，太阳阳明者，开始抵抗， 见兴奋有余之象：太阳伤寒，体气充实者，病从火化，机能兴奋，抗力太过，其病壮热烦渴，其脉洪大滑数。表气不宣者，其热亢越；精神异常者，易于谵妄。治当抑其兴奋，宣其壅塞。表闭用辛，气盛用凉，表亢用甘，气刚用寒。辛甘理表，寒凉制亢。然偏性之药不可久服，中病即止。
少阳阳明者，有障碍而抵抗太过。障碍不一，在阳明者多为腑实，腑实者，胃肠有积滞也。此与“阳明之为病，胃家实是也”不同之处在于以有障为少阳，有余为阳明。仲景寒凉攻下诸方，皆为气盛有障而抵抗太过者设，得其平则已，过其度则害，不能知病不知人，知邪不知正，人与病，不可偏废也。
正阳阳明者，两阳合病，一阳足为明，今两阳合明是过彰也。阳用太过，不能自制，亢则为害也。其病大热大渴，大汗出，脉洪大而实，用白虎汤清之而可愈。
第四阶段，抵抗不足：太阴、少阴之为病，是正气懦怯，全体或局部之抵抗不足。言少阴而不及太阴者，简之也。少阴伤寒抵抗不足其因有二：一为形体虚弱，二为伤于药物。形体虚弱之人，在太阳开始抵抗之时，即有不足之征，此太阳少阴合病也，治以太阳伤寒之药加温壮之品，麻黄附子细辛汤即是一例。伤于药物者大都是久服寒凉、滥用攻下，或发汗太过、生冷无节等造成。少阴伤寒，咎在不足，处治之法，始终宜温，阴质不足，佐以滋养；缓不济急，辅以注射；不足在表，温之以卫；不足在里，温之以壮；不足在心，温而运之；形不足者，温之以气；精不足者，温之以味。温即强壮，非温不足以振衰惫，非温不足以彰气化，《内经》云：“劳者温之，怯者温之”此之谓也。
第五阶段，最后反抗：厥阴之为病，正邪相搏于存亡危急之秋，是人体正气最后反抗。其原因有三：一为因于药助，二为因于药误，三为因于自复。药助，即医生用兴奋回苏之药，应用于病势危急之时，即世俗所谓“扳药”，服“扳药”造成厥阴，此决命争首，给病人带来一丝生机，于病人有利。药误者，乃少阴误清，以致转入厥阴，如生命之火，日益浇漓，以至湮没而不彰。自复者，少阴不药，迁延日久，阴极出阳，转为厥阴，此非正气之复，而是邪机之退，邪退而正复。
厥阴伤寒生死各半。逆转太阳者，不药而自愈，此谓正气来复。逆转阳明者，得凉则安，失凉则危，因其人体力未伤，因于药疲，郁极而扬，药误越久，暴动越厉，不转则已，转则气亢而势张，如虎出柙，如马脱缰，遏制无从，此时予羚、知、膏，如冷水灌顶，顿地清凉，可以恢复原来理智，从事正常抵抗，则病可愈也。逆转少阳者，宿障未去也。伤寒逆极发厥，厥后郁血未散，则顿乱不解，积垢未下，则哺热不休，胸有痰饮，络有凝瘀，皆足妨碍调节。是故热甚而衄，有因血散而瘥者；滞壅成热，有因攻下而愈者；痰阻成痞，服疏利即解；积瘀成痈，因毒溃而消。病之当愈不愈者，余障未除也，障去则愈矣。
大凡厥阴逆转之后，证见阳多者生，反之则死；气逆渐和者生，复之过甚者死。此即仲景“厥阴病热多厥少者生，厥多热少者死；厥回脉徐出者生，脉暴出者死”之意也。
