（一）总蛋白质
CSF是存在于脑室及蛛网膜下隙内的一种无色透明液体。正常CSF中的蛋白质80％以上通过超滤作用来自于血浆，但不同部位的CSF标本，其蛋白质有差异。正常不同部位CSF蛋白质总量为：脑室液50-150mg/L；脑池液150-250mg/L；腰池液150-450mg/L。CSF蛋白质总量随年龄增长而增高，儿童为100-200mg/L，20-50岁约为150-450mg/L，老年人可达600mg/L。足月新生儿生后6天为300-2000mg/L，6-30天为300-1500mg/L，1-6个月为300-1000mg/L，早产新生儿4000mg/L。但正常成人超过450mg/L，一般是病理性的增高，可见于感染、出血、占位性病变及蛛网膜粘连等。多次电休克治疗后可见CSF总蛋白质增高。
CSF蛋白电泳呈现前清蛋白含量异常增高时，多见于脑积水、脑外伤、脑萎缩及中枢神经系统退行性变等疾病。含量下降见于脑内炎性疾病。CSF免疫电泳可提示血脑屏障渗透性改变的严重程度，如β-脂蛋白升高，证明渗透性明显增加；α1-巨球蛋白升高，提示渗透性中等增加；IgA升高表示渗透性轻度增加：γ-球蛋白增高，常见于脱髓鞘性疾病（多发性硬化及麻痹性痴呆）。
（二）蛋白指数
⒈白蛋白指数 CSF中的白蛋白完全通过血脑屏障来自于血浆。其白蛋白指数计算公式为：
当指数＜9时，认为血脑屏障无损害；若指数为9-14，有轻度损害；指数为15-30，中度损害；指数为31-100，严重损害；指数＞100，表明屏障完全崩溃。
⒉IgG和白蛋白比率 在脱髓鞘疾病时，由于鞘内合成免疫球蛋白增加，CSF中免疫球蛋白亦增加，测定CSF中IgG和白蛋白比率对脱髓鞘疾病诊断有一定价值。
比率=CSF中IgGmg/dL/CSF中白蛋白mg/dL
70％多发性硬化病例比率＞0.27。
⒊免疫球蛋白指数 CSF免疫球蛋白指数计算公式：
指数参考范围：0.30-0.77，指数＞0.77，证明鞘内IgG合成增加，90％以上多发性硬化病例指数＞0.77。
（三）特异性蛋白质
⒈β-淀粉样蛋白（β-Amyloid Protein）AD患者脑脊液中存在β-淀粉样蛋白，测定该蛋白质对AD的诊断有重要价值。颅脑外伤亦可出现β-淀粉样蛋白。
⒉APP（β-淀粉样蛋白前体，β-AmyloidPrecursor Protein）AD患者脑脊液、血浆及血小板中均存在APP，为β-淀粉样蛋白的前体物质。
⒊C反应蛋白 正常人脑脊液中无C反应蛋白，当中枢神经系统急性感染时，患者血清和CSF中C反应蛋白升高。
⒋β2-微球蛋白（β2-M）正常成人CSF中β2-M含量为11.5±37mg/L，当颅内感染，癫痫、肿瘤、脑梗塞、格林-巴利综合征等疾病时可见β2-M含量升高。
⒌免疫球蛋白 CSF中IgG、IgA及IgM的检测对某些神经系统疾病的诊断或鉴别诊断有意义，如结核性脑膜炎，IgA增高显著；化脓性脑膜炎，IgM显著增高；病毒性脑膜炎时IgA及IgM无明显改变。
⒍神经组织特异蛋白 测定神经组织特异蛋白首先需分离、纯化及鉴定，再制备成多克隆或单克隆抗体，用双部位放免法进行测定。①神经胶质纤维酸性蛋白（GFAP）增加，可见于Alzheimer型痴呆、脊髓空洞症、神经胶质瘤、脑星形细胞病、血管性疾病及海绵状脑病。②髓鞘碱性蛋白（MBP）增加，见于多发性硬化、髓鞘损伤性疾病。
