鉴于中、西医是两个不同的理论体系,目前还没有汇通,所以秦氏认为临床遇到业经西医确诊的疾病时,切不可生搬硬套,既要防止似是而非地仅据西医病名盲目施治,如遇炎症即用金银花、连翘清热,遇癌肿即用攻毒、解毒之治法,又要避免因西医诊断所引出的缺少治法或预后不良之类看法而束缚手足,甚或失去治疗的信心和勇气,相反地其时都应当搜集所存在的客观临床表现,特别要注意搜集从西医角度看来无足轻重的某些症状,然后再运用中医理论进行细致地辨证,必须根据中医诊断和治疗方针予以处方用药。然而,既已经过了西医确诊,就应当确切的理解西医以及某些术语的含义,只有正确地参考西医诊断和进一步参考西医文献,才能对中医治疗西医诊断的疾病有好处。此外,还需注意的是,“临床上不可能急切地把西医诊断的某一疾病用中医来全部解决,凡是在某一阶段或某一环节,真能运用中医理法取得确实疗效”,“都要做好记录,等到积累更多的病例,便能说明全面问题”,届时中医学术之汇通自会水到渠成,“不应当以完全解决为标准,使点滴的成果遭受散失,结果一无所获”。