秦氏一生十分重视研究《内经》，仅从这方面即撰写专着五种，他曾反复强调“研究祖国医学，先要学习《内经》，然后可以顺流而下地贯彻到其他医学，不如此，便象失去了钥匙，无法打开中医宝库的大门”。秦氏研究《内经》特别注意运用以下两种方法：一是高度综合归纳，如《内经类证》即将有关条文分归44种病类、310种病候进行整理，
而《谦斋医学讲稿·水肿病的基本治法及其运用》又通过归纳散见于《至真要大论》、《阴阳别论》、《脉要精微论》、《评热病论》、《水热穴论》、《气厥论》、《平人气象论》、《汤液醪醴论》、《五癃津液别篇》、《邪气藏府病形篇》等与水肿病有关条文，为之总结出了“主要病因由于湿，也能由外邪和内伤引起”，“发病机制与脾、肺、肾、三焦、膀胱、肠胃等功能障碍有密切关系，因而治疗方法有发汗、燥湿、利尿、逐水、理气、宣肺、健中、温肾等”，进而结合自己的临床经验而提出了发汗、利尿、燥湿、温化、逐水、理气六个基本治法。二是深入剖析发微，如对《素问·通评虚实论》“邪气盛则实，精气夺则虚”的注释，即从病因、现象、体征等方面加以剖析，并引《伤寒论》有关条文予以证明，使虚、实之概念昭然如揭，那就是“从因素来说，风寒暑湿燥火等外邪侵入的多是实证，气血精神津液等内脏损伤的多是虚证；从现象来说，急性进行性机能兴奋的多是实证，慢性退行性机能衰减的多是虚证，故经络障碍，脏腑壅实，气分郁结，瘀血停留，脉象弦大紧急等多属于实，面色惨白，形体疲劳，精神萎靡，呼吸低微，脉象细小软弱等多属于虚。由于虚实是表示邪气与精气，也就是表示病与人两方面，所以邪气只有实而无所
