短波电疗法的作用机制，除深部产热作用外，还存在特殊的高频振荡效应，组织吸收的能量越大，热形成越多，热作用越大，振荡效应就越小。
短波有使深部组织充血，促进血液和淋巴循环，增强新陈代射过程，减低中枢和周围神经系统兴奋性，增强白细胞吞噬机能，激活酶的活性；作用肾上腺区时，有促进肾上腺皮质糖皮质激素分泌功能，提高儿茶酚胺类物质的分泌作用；作用植物神经时，有降低交感神经兴奋迷走神经作用，所以短波电疗有促进血液循环，解痉（胃肠平滑肌痉挛）止痛、消炎、促进病理产物吸收、增强组织脏器新陈代谢和营养等作用。
大功率短波（简称射频疗法）可用于肿瘤治疗（详细内容见后附），可使瘤内温度比健康组织温度高出5℃－10℃，从而达到癌细胞死亡而不损伤正常组织的目的。因此近十年来被用于研究治疗恶性肿瘤，特别当它与放射线、化疗、手术等合理综合应用时，能显著提高恶性肿瘤的治愈率。射频治疗还有许多问题待研究解决。
此外，短波还可与直流电药物离子导入法同时联合应用，能使导入药物比单纯直流电导入法更多更深。
短波与低频电同时应用能提高细胞膜渗透性，改善代谢，对植物神经、运动神经和肌肉的功能有良好影响。
短波电流还可用作电切和电凝固，其组织改变和用途与中波相似。
