ApoAⅠ为HDL的主要结构蛋白。ApoAI基因突变可导致异常的ApoAⅠ蛋白质的合成。有些异常的ApoAⅠ影响HDL的代谢。已报道的阻碍ApoAⅠ合成的基因突变有重排、缺失、无义突变等方式。这些突变的纯合子患者表现出极低HDL胆固醇水平和早发冠心病。目前已发现至少有20种不同的ApoAI结构基因的点突变导致氨基酸转换（见表4-7）。其中两种突变（精氨酸173→半胱氨酸和脯氨酸165→精氨酸）与低HDL胆固醇水平相关，但并不引致早发冠心病。
Talmud等人发现ApoAⅠ基因启动子区域内距转录起始部位第75个碱基（-75bp）A置换G的突变与高ApoAI及HDL水平相关。这种突变后的等位基因称为A等位基因，而含G的称为G等位基因。Saha等报道A等位基因在新加坡华人中出现的频率（0.27）高于高加索人(0.12)。Wang等人发现，ApoAⅠ基因第1内含子5'末端，第83碱基C转换成T或第84碱基G转换成A，致使MspI酶切点丧失，这种突变与高HDL胆固醇相关，比上述的-75碱基A置换G突变与高HDL胆固醇的相关还强。
表4－7 人体ApoAI基因点突变导致氨基酸改变
| 氨基酸改变1 | 密码子2 | 核苷酸点突变 |
| Pro3→Arg | CCC | C→G |
| Pro3→His | CCC | C→A |
| Pro4→Arg | CCC | C→G |
| Arg10→Leu | CGA | G→T |
| Gly26→Arg | CGGC | G→C |
| Asp89→Glu | GATC | T→G,T→A |
| Asp103→Asn | CGAC | G→A |
| Lys107→0 | ||
| Lys107→Met | AAG | A→T |
| Glu136→Lys | CGAG | G→A |
| Glu139→Gly | GAG | A→G |
| Pro143→Arg | CCA | C→G |
| Glu147→Val | GAG | A→T |
| Ala158→Glu | GCG | C→G |
| Pro165→Arg | CCC | C→G |
| Glu169→Gln | CGAG | G→C |
| Arg173→Cys | GCGC | C→T |
| Arg177→His | CGC | G→A |
| Glu198→Lys | CGAG | G→A |
| Asp213→Gly | GAC | A→G |
1：氨基酸代号可参见表4-5脚注；第1排氨基酸右上角的数值表示其在ApoAⅠ一级结构上的位置；2：加底线的核苷酸为点突变部位。（源自：Eckardstein et al.J.Biol Chem.265:8612,1990）
