肛管壁分为以下几层：
粘膜
肛管上部覆盖着柱状上皮。
肛管末段覆有肛膜，为一薄层无汗腺及毛囊的鳞状上皮。此上皮的边界称为肛皮线，或称齿状线。
数条纵行粘膜柱（肛窦或Morgagni柱）始于肛管近段，终止于齿状线，环绕具肛腺的肛隐窝。此处粘膜呈紫色，而肛管其余部分粘膜为粉红色，其原因是此处粘膜层覆于三簇血管丛上，易引起内痔。
外痔是位于肛管粘膜与皮肤交界处的静脉丛曲张所致。
图1.22肛管纵切面观。
肌层
肛管有两层括约肌，肛门内括约肌和肛门外括约肌，与盆底一起协同作用，保持排便节制。
内括约肌
内括约肌是直肠内环肌层的延续，能维持一个持续周期性波动的肌张力，完全由自主神经控制，主要对肛管静息压力产生反应。
外括约肌
外括约肌通常分为三部分：皮下层、浅层和深层。
外括约肌对有意产生的压力产生反应，但也对静息压力发生反应。外括约肌包括红和白两种不同的横纹肌纤维。即使红的肌纤维看上去是随意分布的，但仍能像内括约肌一样保持一个紧张收缩状态。白的纤维可增加收缩强度，但只能保持很短时间。
提肛肌
盆底的提肛肌包括耻骨尾骨肌（与耻骨直肠肌组成耻骨直肠韧带）（图1.23），回肠尾骨肌，和坐骨尾骨肌。当然，也有变异的情况存在。耻骨直肠肌特别重要，因其收缩可使肛门直肠角保持近90°，此角在保持排便节制中起很大的作用（图1.21）。
图1.23耻骨直肠韧带。
