应用标准化疗方案或短程化疗方案治疗结核病，成功率有可能达到100%，然而在实践中失败率仍然很高，这主要是由于以下各种原因造成：
一、化疗方案不合理，制定的方案既无药物的联合应用，又无药物的合理剂量，用药的疗程也未完成，这主要是由于个别医务人员不熟悉结核病的治疗原则，只满足于习惯用药。
二、不按时用药这是治疗失败的最常见原因，约占40%。特别是叮嘱病人自己服药时常见。由于管理不善，加上病人的不自觉，不按时用药相当多见。有专家指出：有专家指出：成功的疗效=合理的化疗方案+有效的组织管理，指出了管理在结核病治疗上的重要性。可以这样说，没有严格的管理，就不可能有化疗的成功。
三、过早停止用药，这也是一种常见的失败原因，约占36%，这可能是由于医生交代不清，病人迁移或自己放弃治疗，自以为病愈，放弃治疗。
四、药物毒副反应，主要是由于抗痨药物对肝脏功能的损害和各种过敏反应，使治疗复杂化，肝功不正常，好多抗痨药物不得不停止使用，对过敏者为了脱敏，在一个很长时间内只能用一种药，那么耐药性就有可能发生。
五、原发耐药菌感染，未经药敏试验，盲目的用药，由于结核菌对药物的原发耐药而造成治疗的失败。
六、非典型抗酸杆菌感染，非典型抗酸杆菌和结核菌非常相似，都具有抗酸性，该菌常侵犯肺脏，和结核菌所致的肺结核不易区别，在肺结核患者中约有1-20%是非典型抗酸杆菌所致的，国内资料显示非典型抗酸杆菌感染占4.4%，这些病人用抗痨药物往往效果很差或无效。
综上所述，造成化疗失败的主要原因是没有到结核病专科医院治疗或没有在专业医师指导下治疗，患者思想麻痹大意，听之任之，有病乱投医，或自行购买廉价药品（伪劣假冒药）。
