肛肠科疾病除用手术治疗，应注重配合中药口服、外用，内外并治，提高疗效，多用于手术前后，以增强病人体质，减轻症状，控制病情发展或为手术创造条件。
由于肛肠科疾病有一定的特点，如其病位在下，其致病因素多为“风、热、燥、湿”等，故临床治疗有一定规律可寻，其常用的内治法可归纳为清热凉血、清热解毒、清热利湿、清热祛风、清热化湿、清热攻下、润肠通便、活血化瘀、软坚散结滋阴润燥、益气升提、温阳散寒、涩肠固脱、托里透脓、扶正补虚等法。
中医肛肠科外用药较多，有油膏、散剂、栓剂、洗剂等，需根据不同创面酌情使用。柏连松教授强调术后伤口分阶段换药处理的治疗经验，术后一周内选用红油膏换药处理，至创面腐肉脱落、新肌露出，始改用三石散换药。
熏洗法是中医常用传统外治法，渊源流长，应用甚广，具有简便有效的特点。早在《五十二病方》中对此就有较详尽的文字记载，认为熏洗法治疗肛肠疾病具有清热解毒，祛风止痒，益气升提，燥湿杀虫，活血生肌，收敛固涩等作用，通过抑菌，减少炎症因子的分泌，改善局部的组织血运，促进伤口组织再生和愈合等方面，达到治疗目的。柏连松教授通过长期临床观察和医疗实践，结合祖国医学的经典理论，采用清热解毒、燥湿祛风、活血生肌等方法治疗肛肠科各种疾病及手术创面，研制成熏洗Ⅰ号方，本方药物组成：川柏、蒲公英、虎杖、苦参片四味。将四味药水煎成汤3000毫升药液，借其蒸腾之药气熏灼患处，然后再将药物乘热淋洗或浸浴患部。由于操作繁琐不便，多次予以剂型改进，先将这四味药打碎包成“袋泡茶”样包装，现又制成颗粒剂，使用非常方便。
