潜伏期一般7～10天，可长至21天。临床病程可分为三期。
（一）卡他期 从发病开始至出现痉咳，一般约1～2周。开始症状类似感冒，除咳嗽外，可有流涕、喷嚏、轻度发热，也可只有干咳，并不引起注意。当其他症状逐渐消失时，咳嗽反而加重，日轻夜重，渐呈痉咳状。
（二）痉咳期 一般为2～6周（自数天至2个多月）。阵发性、痉挛性咳嗽为本期特点。发作时频频不间断的短咳十余声或数十声为呼气状态，最后深长吸气，因其时喉部仍呈痉挛状态，故伴有高音调的鸡鸣样吼声，接着又发生下次的痉咳，如此反复发作多次，直至咯出粘稠痰液为止。咳嗽剧烈时，可有大、小便失禁，双手握拳屈肘、两眼圆睁、面红耳赤、涕泪交流，头向前倾、张口伸舌、唇色紫绀等，表情极其痛苦，呕吐后方告结束。轻者一日数次，重者一日数十次，以夜间为多。当奔跑、进食、受凉、烟熏、哭吵等均可诱发。发作前一般无明显预兆。间歇期情况无特殊。痉咳时，上腔静脉压力增高，回心血流受阻而有瘀血现象，常见颜面及眼睑浮肿，阵咳剧烈时，可出现鼻衂、咯血及眼结膜下出血等，甚至发生颅内出血。痉咳频繁者每影响睡眠，致使患儿疲倦、不喜活动、食欲减退，加上呕吐，继发感染，可致营养障碍。如无继发感染，患儿一般体温正常，肺部无阳性体征或有不固定的啰音。
新生儿和幼婴常无典型痉咳，表现为阵发性摒气及紫绀，易致窒息、惊厥。呼吸动作可停止在呼气期，心率先增快，继而减慢乃至停止。若不及时行人工呼吸、给氧等积极抢救，可窒息死亡。
成人百日咳：近年来青少年和成人百日咳有增多趋势，可占流行时总病例的10.2%。一组经细菌培养证实的成人百日咳，平均年龄为35岁，有典型症状与痉咳后呕吐，但也可仅有数周干咳，罕有并发症。大多数仍可坚持工作，本人虽无多大痛苦，但可作为传染源，尤其威胁小儿，应予重视。
（三）恢复期 约2～3周。阵发性痉咳减轻，次数减少，鸡鸣样吸气声消失，患儿精神食欲逐渐恢复正常。如有并发症，此期可延长。
