肝肾同源，而冲任隶属于肝肾。故妇女疾患虽与五脏六腑皆有关，然与肝肾最为密切。肾为先天之本，主藏精而寓元阳，主生殖而系胞胎。女子的天癸来源于肾气，天癸是肾气充盛之后的产物，又是促进女子生长发育的重要物质。肾气肾水充足则精血充足，天癸按期而至，生长发育健旺。妇女经、带、胎、产、乳之生理变化，与肾主生殖的功能健全密切相关。其生殖、生理功能，从七岁肾气盛，二七天癸至，三七肾气平均，直至七七天癸竭，皆受肾气盛衰之主宰。肝则为藏血之脏，与冲任血海有关。其性喜条达，主疏泄，主情志。女子以血为用，其一生中，经胎产乳，数耗阴血，故肝经血虚，血海不充，是常见之病理改变。妇女有“善怀多郁”之心理特点，易于怫郁，易致肝郁气滞，气滞则血亦滞，而罹患多病。肝经布胁肋，乳头为其所辖，乳部疾病亦常与肝有关。故历代许多医家，如叶天士等都有“女子以肝为先天”之说。
总之，女子在生理上依赖肾气充盈，肝血旺盛，经带胎产乳均受肝肾所统，肝肾协调则经候如期，胎孕乃成，泌乳正常。在病理上肾虚禀赋不足，则脏腑功能、生殖机能发育不全。肝经失调则血海不充，藏血疏泄失司。故在临床上肝肾两脏失调与妇科疾病密切相关。青春少女如肾气虚弱，癸水不足，则冲任失养，难以按月催动月汛，月经失调，该来不来，该去不去。成年妇女如肾阴亏损，血衰水亏；或肝血虚少，血海不充，则经来量少，经候衍期，甚至经行闭止。如肝木乏肾水濡养，肝阳肝火遂致偏亢，则经血妄行，经期提前。肝肾封藏失司，则经漏不止。肝郁不疏则经乱，前后不定，经前乳胀，临经头痛。肝郁气滞，气血阻滞则痛经；血滞日久，甚则徵瘕积聚。妇人胎孕，发端于天癸，凭借于冲任，植根于胞宫，皆赖肝肾精血充养，肝肾精血不充，则胎孕难成。妇女孕胎期，肾气不足系胞无力，或肝血不足无以养胎，则胎漏、胎坠，滑胎。妇女产后多易损伤肾气，或流血过多肝经血少，肝肾亏损，常有腰背酸痛，或阳越阴亏常自汗不止。更年妇女肾元虚衰，或肾水亏乏，肝火偏亢，冲任不摄崩漏不止，或肾虚肝郁，阴阳失衡，潮热自汗，忧虑烦躁，诸症迭出。
古有乙癸同源即肝肾同源之说，治疗肝肾失调之妇科疾病应肝肾同治。肝肾为母子，肾主闭藏，肝主疏泄。两者同居下焦，二脏俱有相火。肝肾之阴精阴血可以相互为用，肝肾之相火又可以相互影响，故肝肾是同源的。明代医家李中梓《医宗必读》中有“乙癸同源，东方之木无虚，不可补，补肾即所以补肝；北方之水无实，不可泻，泻肝则所以泻肾”之论述，也从一个侧面指出了肝肾同治的论点。肝为刚脏，阴常不足，阳常有余，平日赖肾水以滋养，柔其刚悍之性；肾为肝之母，肝郁肾也郁。治肝必及肾，益肾须疏肝。肝旺者，肾常不足，滋肾则所以平肝。滋补肝肾又需伍疏达肝气之药，以助滋补之力。
妇科临床辨证用药时，多应以肝肾为纲，肝肾同治，肝肾在月经周期中发挥着不同的作用，如经前患者肝气偏旺时，治偏疏肝理气调经；经后阴血去，肾气偏虚则着重补益肝肾，以顾其本。对不孕患者，除调理月经外，在排卵期前后，还加用温肾促性助孕之品，如仙茅、仙灵脾、石楠叶、蛇床子等。在治疗各种妇科疾病中，常在疏肝清肝方中加女贞子、枸杞子、桑椹子、续断、桑寄生等补肾药；在补肾方中又常佐疏肝理气之青皮、川楝子。在临床常用的“健壮补力膏”“怡情更年汤”“促卵助孕汤”均为滋补肝肾之良方。“健壮补力膏”用菟丝子、覆盆子、金樱子、五味子补肝肾，摄精气、固冲任；桑寄生补肝肾，强筋骨；石龙芮补肾强壮，孩儿参补气。广泛运用于肝肾不足，冲任虚损之崩漏、带下、闭经、月经不调、不孕症、胎漏等疑难杂病；“怡情更年汤”以滋养肝肾之阴的二至丸为主，加巴戟天、肉苁蓉、桑椹子加强滋补肝肾之力，紫草、玄参清肝降火，淮小麦、炙甘草健脾养心除烦，首乌藤、合欢皮解郁怡神。治疗更年期综合征和其他年龄妇女属肾虚肝旺，症见心烦易怒，胸闷心悸，失眠多梦，烘热汗出等症者。“促卵助孕汤”用女贞子、肉苁蓉、桑椹子益肝补肾，巴戟天、仙灵脾补肾壮阳，加参芪四物益气养血调经，辅以石楠叶、石菖蒲、川芎醒脑怡神，共奏益气养血、补肾助精、促卵助孕之效。
