阴阳学说贯穿于中医学术理论体系的各个方面，即可用来说明人体的生理功能，也可解释疾病的发生发展规律，对临床具有重要的指导意义。所以《素问·阴阳应象大论》说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，治病必求于本”。明确指出人的一切生理、病理现象的产生，均根源于阴阳的变化，奠定了阴阳学说在中医学中的重要地位。
1、阴平阳秘，精神乃治：
阴阳在人体的正常生理活动中是既对立又统一的两个方面。阳化气（机能），阴成形（物质）。人体的生理机能有赖于人体的物质基础，反之人体阳气的活动又可催化阴精的生成。因此，人体的阴阳是一种互根互用并可互相转化的辩证关系。但如果阴阳不能相互为用而分离，人的生命运动也就停止了。所以，《素问·生气通天论》云：“阴平阳秘，精神乃治；阴阳离决，精气乃绝。”因此,在中医学的八纲辨证中,阴阳是辨别疾病性质的总的纲领。此正所谓：“善诊者，察色按脉，先别阴阳”。 《类经·阴阳类》说：“人之疾病，必有所本，或本于阴，或本于阳，其本则一”。可见，证候虽然复杂多变，但总不外阴阳两大类，而诊病之要也必须先辨明阴阳属性，或阴阳平衡状态。然人之阴阳又以肾精为根本，故肾之阴阳是五脏六腑阴阳之根本。肾阴又称元阴、真阴，是人体阴液的根本，对各脏腑组织起着濡润、滋养的作用。肾阳又叫元阳、真阳，是人体阳气的根本，对各脏腑组织起着温煦、生化的作用。肾阴和肾阳相互依存、相互制约，以维持人体生理上的动态平衡。一旦这种平衡被打破，则形成肾的阴阳平衡失调而产生相应的症状。由此可见，在诊治疾病的过程中，应注重阴阳的平衡，尤其应强调肾阴肾阳的平衡。
临床应诊，若非外邪彰然，当虑及肾之阴阳。常用生地、熟地、首乌、麦冬以养阴；用仙茅、仙灵脾、补骨脂、附子以补阳；用鹿角、山茱萸肉以填补精气。内伤杂证，肾精不足者，随证取舍，每可获效。
2、善补阳者，必于阴中求阳；善补阴者，必于阳中求阴：
阴阳不仅是一个事物的两个方面，同时阴阳还有互根互用和相互转化的特点，《素问·阴阳应象大论》说：“故积阳为天，积阴为地，阴静阳躁，阳生阴长，阳杀阴藏，阳化气，阴成形”。这一理论对临床处方用药影响深远。张景岳在此理论基础上得出了“善补阳者，必于阴中求阳，则阳得阴助而生华无穷；善补阴者，必于阳中求阴，则阴得阳升而泉源不竭”的经验，其所创左归丸、右归丸等对后世医家影响颇深。
临诊若遇阳气虚损而用补阳益气的附子、桂枝、黄芪、鹿角等药物时，应注意适当使用补益阴液的生地、熟地、白芍等，以使生化之源无穷。此法常用于各种原因引起的心力衰竭、陈旧性心肌梗死、顽固性早搏、椎基动脉供血不足引起的眩晕等。反之，病家表现为阴精亏损，在使用补阴填精的药物，如生地、熟地、首乌、枸杞子、麦冬、炙龟版，同时也应兼顾补益阳气的药物如附子、仙灵脾、菟丝子等，以使生升之源不竭，如中风后遗症之下肢萎软等。一味补阴或一味补阳，总有偏颇之嫌。
