陈教授认为辨证论治，包含着相互联系的二个内容，是认识疾病和解除疾病的过程，是中医治疗的特点，对针灸临床起着必不可少的主导作用。倘若废弃辨证而施行针灸，头痛医头，脚痛治脚，将会象瞎猫逮鼠那样，事倍功半。他将辨证论治思想贯穿于针灸临床的始终，使之每每在针灸临证时出奇制胜，取得良效。
陈教授指出：在临床上遇到不同的疾病，只要症候相同，或病在同一经脉，便可用同样的方法选穴治疗，而同一病种，其症候相同，或病不在同一经脉上，其治疗选穴方法也就不同。譬如：落枕与急性腰扭伤是两种不同的疾病，若它的疼痛部位均在督脉经上，都可用人中穴治疗；若在太阳经上，皆可取后溪穴治疗。又例：失眠，虽然同是不寐，但其有：“心脾血虚”、“心肾不交”、“胃不和”等不同的症候，在治疗选穴上亦有所不同。如心脾血虚取神门、三阴交；心肾不交取神门、太溪、灸涌泉；而胃不和卧不安者，取足三里、阴陵泉、内关等穴予以治疗。
就辨证论治而言，在针灸临床上有辨经取穴与辨证取穴不同。辨经取穴是依据“经脉所过， 主治所及”的治疗原则为指导，根据经脉循行规律，进行辨经取穴的一种治疗方法。辨证取穴是以脏象学说为基础，《灵枢·海论》曰:“夫十二经脉者，内属于府藏，外络于肢节”，通过四诊、八纲进行全面分析，归纳，然后选穴配方。因此，脏腑疾病到辨证取穴为主。辨经取穴与辨证取穴虽是两种方法，但在临床上又不能截然分开，对于某些疾病则应辨证取穴与辨经取穴互变，才可求得取效迅速，运用灵活。
