陈氏在《外科正宗卷一·痈疽门》中，对痈疽的病因病机、诊断治疗、病后调理、饮食宜忌乃至病人卧室卫生等等都作了详细的论述。陈氏认为：静则生水，动则生火；又水能生万物，火能克万物，故百病由火而生。火既生，七情六欲皆随应而入之；既入之后，百病发焉。发于内者，为风劳、蛊膈、痰喘、内伤；发于外者，成痈疽、发背、对口、疔疮，即火毒引发痈疽。陈氏还认为七情六欲者，皆为盗人元气之贼，人若能疏于此者，无不多安多寿，反之则有损有伤。并且指出六淫、膏粱厚味、劳伤房欲、五脏不和、六腑不通皆可诱发痈疽。
陈氏查看痈疽非常仔细，从发病时间到疮形、受病之源及部位到患者年龄体质，再诊脉之虚实，无不一一参明，表里透彻，然后才定治法。他认为凡疮七日以前，形势未成，元气未弱，不论阴阳、表里、寒热、虚实都应当先灸之，使轻者毒气随火而散，重者拨引郁毒，通彻内外，方可辨证施治。陈氏认为在外之症则必根于其内，治疗上也应内外配合。内治尤重调理脾胃、调和气血，“盖疮全赖脾土，调理必要端详”，治疗必先固脾胃，脾胃固则气血充盛，升降有序，脏腑和谐，利于痈疽康复。“如大疮溃后，气血两虚，脾胃并弱，必制八仙糕，早晚随食数饼以接补真元、培助根本，再熬参术膏”等等。内治法中主要用托、补法。“凡疮溃脓之后，五脏亏损，气血大虚，外形虽似有余，毒气自解，死肉自溃，新肉自生，饮自进，疮口自敛”。常用托法有托里清中、托里温中、托里排脓、托里生肌、托里解表等方法。常用补法有补中益气、补脾益胃、补气养血等。陈氏重视外治，外悉诸刀圭之法，治疗痈疽时尤喜用刀针，他认为疮疡已溃成脓之后，“开门逐贼”十分必要，除脓之法可用刀针切开，或用煮过的药筒拨脓，或用药品腐蚀，有时还须清除死肉，除尽余脓，使毒邪外泄。这些方法颇具科学道理，至今仍有临床意义。
陈氏曾治一乡官，年七旬余，右背发疮八日，疮微肿，色淡不红，势若龟形，根漫不耸，他认为是年老气血衰弱的原因，遂用排脓内托散加皂刺以溃脓、托里。服至十三日，疮渐肿高，色亦见赤。只是不能腐溃为脓，认为是食少脾弱，不能培养的缘故，又用十全大补汤数服，脓亦渐出，不能快利，遂用针当头取开寸许，捺通脓管，脓果然随出，用猪蹄汤洗净膏药覆盖，每日换药1次，外肉渐腐为脓。又见患者形色枯槁不泽，用人参养荣汤倍加人参、黄芪托里，腐肉将脱者取之，新肉欲生者培之。陈氏唯恐年老气血虚弱不能速，又早晚加服参术膏，以后新肉方生，饮食增倍，调理七十五日而愈。仅此一医案便可见陈氏不失为外科大家，内外治法并用，注重调理脾胃与气血，医术实属精湛，体现了一代名医风采。
