（一）吞咽功能
当吞咽的食团接触舌根及咽峡粘膜时即引起吞咽反射。食团到咽腔时软腭上举，关闭鼻咽腔，舌根隆起，咽缩肌收缩，压迫食团向下移动，由于杓会厌肌、甲会厌肌及甲舌骨肌等收缩及舌根隆起，使会厌复盖喉口，在呼吸发生暂停的同时，使声门紧闭，喉上提，梨状窝开放，食团越过会厌进入食管。
（二）呼吸功能
正常呼吸时的空气经过鼻和咽腔时，软腭必须保持松弛状态，若鼻或鼻咽有阻塞，就将影响鼻腔的正常呼吸作用，而张口呼吸。咽腔粘膜内富有腺体，故仍有继续对空气加温、湿润的作用。
（三）保护和防御功能
咽肌运动对机体起着重要的保护作用，在吞咽和呕吐时，咽肌收缩可暂时封闭鼻咽和喉部，使食物不致返流入鼻腔或吸入气管。若有异物进入咽部，可因咽肌收缩而阻止下行，产生呕吐反射，吐出异物。
来自免疫学的深入研究，认为扁桃体内具有产生抗体的B细胞和T细胞，并含有数种免疫球蛋白（IgG、IgA、IgM、IgD、IgE等），具有体液免疫和细胞免疫的双重抗感染的免疫功能。
（四）共鸣作用
发音时咽腔可改变形状而产生共鸣，使声音清晰、悦耳，其中软腭的作用尤为重要。
