9月21日，商务部派出了5个猪肉质量安全专项整治工作检查组，分赴各地监督检查《全国猪肉质量安全专项整治行动方案》和《生猪屠宰专项整治工作方案》落实情况。9月26日，再次派5个检查组，由司局长及部领导牵头，重点对生猪屠宰企业清查情况和打击整治私屠滥宰进展情况进行专项检查。
检查的主要内容：一是各地猪肉质量安全专项整治方案制定情况，包括组织机构建立及经费落实、执法队伍建设、举报电话设立、运行及整治行动信息报送情况五个方面落实情况；二是生猪定点屠宰企业厂点设置、生产条件、企业管理、肉品品质等项目普查情况及检查非法肉品交易和打击私屠滥宰进展情况；三是屠宰企业信息化管理和猪肉质量安全可追溯体系的建立和完善情况。
0个检查组分赴猪肉主要产区和销区，深入地（市）县和定点屠宰及批发、零售企业，采取听汇报、实地考察，明查暗访结合等多种形式，重点对专项整治第二阶段各地采取的措施、工作进展及存在的问题进行检查指导。此次调查后将对完成情况好的地区给予表扬，对完成情况差的地区通报批评。
为配合此次检查，商务部9月24日发出紧急通知，要求地方商务主管部门切实加强对专项整治工作的组织领导，一把手牵头负责，主管领导全力抓，抽调专门人员组成督导组，分阶段逐市逐县进行检查督促，对所有定点屠宰企业进行拉网式检查，对私屠滥宰、病害肉、注水肉泛滥的地区进行反复检查和重点打击。
