药品零售药店选址的资金投入大，且长期受到约束。即便企业为追求投资最小化选择租赁的方式，而不是购买土地自己新建，投入仍然很大。除在合同期内需要支付租金以外，投资商还需在照明、固定资产、门面等方面投入。如果位置不太理想，租赁期通常短于5年。如果位于闹市区商业中心，租赁期则往往为5年~10年。位于市中心的药店的租赁期甚至长达30年。
药品平价超市的单店规模较大，不可能轻易搬迁，也不太可能轻易改换经营方式。由于位置固定，资金投入量大，合同期长，药店选址是平价大药房零售战略组合中灵活性最差的要素。相比之下，广告、价格、顾客服务、产品及服务种类都能够随着环境的变化迅速地做出调整。
如果一家单店搬迁，会面临许多潜在问题：首先，可能流失一部分忠诚的顾客和员工，搬迁距离越远，损失越大；其次，新地点与老地点的市场状况不同，可能需要对经营策略进行调整；再次，药店的固定资产及装修不可能随迁，处理时如果估价不当，也会造成资产流失。
因此，要成立了一个专职部门，负责勘测发展新店，任务包括为新店选址和设计。公司以租赁的方式开设新店，这样在位置选择上也更灵活。平价大药房选址一般遵循以下原则：
选择经济发达的城镇。选择经济发达，居民生活水平较高的城市是兴建超市的首选地。这些城市人口密度大，人均收入高，医疗单位密集，需求旺盛，工商业发达，药品超市在当地有较高的发展前景。比如，南昌开心人大药房在2002年8月31日就选择在江西的省会南昌市开业。
考虑连锁发展计划。平价大药房设立门店要从发展战略，通盘考虑连锁发展计划，以防设店选址太过分散。平价大药房门店分布要有长远规划，并且具有一定的集中度，这利于总部实行更加精细科学的管理，节省人力，物力，财力，每一个门店的设立都要为整个企业的发展战略服务。例如，南昌开心人大药房在南昌市区开设了8家连锁药店，分别分布于南昌的东湖区、西湖区、青山湖区、青云谱区、昌北开发区。
独立调置门店。平价大药房在调置门店时，如果没有充分的把握，一般不应与其他同类大型零售店聚集在一起。在选址中要注意与其他大型药品超市保持一定的距离，至少平价大药房与它们之间在核心商圈不能重叠，以免引发恶性竞争，导致两败俱伤。例如，南昌开心人大药房福州路店位于南昌市福州路159号，2002年以前，福州路方圆2公里只有2家小型药店，没有其他大型药品超市。开心人大药房的投资者大胆决策，果断地在此开设了1500平方米的大型药品超市，而且一炮打响。有时出于抢占市场的需要，我们要在竞争对手的地盘上立足，一争高下。例如，2005年5月开业的开心人大药房南昌坛子口店出人意料地开在了南昌老百姓大药房的隔壁，目的就是要抢占竞争对手的市场份额。
选择城乡结合部。我们必须开发远离市中心的城乡结合部，或在次商业区或新开辟的居民区中，在该药店周围要有20~30万人的常住人口。该地点要具备以下三个条件：——地价低廉。该地点土地价格和房屋租金要明显低于市中心，土地价格一般为市中心的1/10以下，这样减少了超市投资，降低运营成本，为平价大药房药品超市的低价格销售创造条件。
——交通便利。既要有利于消费者前来购物，又要有利于药物运输和药品吞吐，值得注意的是，仓储式平价药房在选址中对交通便利性的要求大大高于其他药品超市，即要具有交通运输的高速性，辐射性和枢纽性，如果不具备这几个条件，会明显减小它的商圈半径，影响商品销售额。
——符合城市发展规划。与城市拓展延伸的轨迹相吻合，这样由于城市的发展会给仓储式药品平价超市带来大量客流量，降低投资风险。例如，2005年2月开业的南昌开心人药房洪都新世界店，就是开在洪都集团住宅小区内，这里有20万常住人口，离市区有半个小时的公交车程，开业后效果不错。
