2006年，我国青蒿素产品出口出现结构性变化，全年出口总额达到了3301.7万美元，同比增长13.57％。其中,高附加值产品青蒿素制剂的出口达到了2857.6万美元，同比增长38.90％，而原料性产品青蒿草和青蒿素原料药的出口均呈现大幅下降趋势，出口额分别为8.4万美元和435.7万美元，同比下降87.62％和44.29％。
从出口市场看，由于非洲是世界最大的疟疾发病区，疟疾年死亡人数近300万，因此非洲是我国青蒿素制剂出口最多的地区，年出口额为1473.8万美元，占我国青蒿素制剂出口总额的51.57％。亚洲的印度和东南亚地区也是疟疾的高发地区，抗疟药需求量较大。去年，亚洲成为我国青蒿素制剂的第二大出口市场，出口额为732.9万美元，占我国该类制剂出口总额的25.64％。
去年，受市场供大于求的影响，我国青蒿素原料药出口一改2005年快速增长的态势，出口单价由681.88美元/千克下跌至518.09美元/千克，出口额也一路下滑至435.7万美元，同比下降44.28％。2006年，亚洲取代欧洲成为我国青蒿素原料药出口的最大市场，出口额为276.5万美元，占我国该类产品出口总额的63.47％，同比增长45.46％；对欧洲的出口由2005年的591.8万美元下降至148.9万美元，降幅为74.84％。
受国家政策导向和我国青蒿素提取产业快速发展的影响，去年我国青蒿草出口狂跌，出口额仅为8.4万美元，同比下跌87.62％。日本成为我国青蒿草出口的最大市场，出口额占我国该产品出口总值的80.86％，韩国和美国位列其后。
值得注意的是，青蒿素在出口贸易中存在着一些问题。首先是出口企业竞争力弱。去年，我国共有59家企业经营青蒿素制剂出口，其中出口额在100万美元以上的企业仅有6家，出口额在10万美元以上的企业18家。经营青蒿素原料药出口的企业共有21家，多数企业出口额没有超过10万美元。许多企业的产品没有注册，缺乏自主品牌，同时产品销售也受制于跨国制药公司。其次是售假现象时有发生。一些不法商人利用各国行政管理对接之间存在的一些漏洞，进行假药非法贸易，造成非常严重的影响。
对此，业内专家建议，一要加强对青蒿素类产品出口的监控，将青蒿素类产品出口列入自动出口许可管理商品的范畴，以便加强对其出口的监控；禁止青蒿种子的出口，避免基因资源的流失。二要整合优势资源，开拓国际市场。目前，我国的华立科泰、桂林南药和昆明制药等3家企业仅有少量青蒿素制剂产品出口，而国际抗疟市场规模高达15亿美元。因此，必须加大对青蒿素制剂出口的扶持力度，可以将经营出口与国家援外工作挂钩，加大政府采购力度。同时，建立青蒿素科技基金，制定青蒿素成果产业化战略。三要加强行业的服务与协调。成立青蒿素行业组织，建立行业平台，加强对生产与出口企业的信息、法律、政策、技术等方面的服务。
