几年以前，国际制药企业协会联合会就有报告指出，“只要战略调整得当，中国将很快成为世界新药研发大国”。但迄今为止，我国新药研发整体实力不足的状况依然没有根本改变。最常被引用的数字是，占我国制药工业55%的化学药中，具有自主知识产权的创新药仅占3%。所谓药物研发的战略调整仍然任重道远。对于遍地开花的“药谷”热，尽管业内人士有喜有忧情绪复杂，但不可否认的是，具有政府的有力支持并集科研力量、资本运作或资源条件等多方面优势的“药谷”，代表了一种新的产业模式，在产学研一体化的架构下，这种模式极有可能取代个体企业，在药物自主创新的转型中扮演关键角色。上海张江和北京中关村有关打造医药板块、形成集团军作战的构想和实践，令新的“中国式研发”体系初露端倪。
“新药研发，企业应该挑大梁。”这个口号喊了很久，但实效并不尽如人意。新药研发要资金投入，要科研积累，要政策支持，这些问题均非企业个体所能解决。创新的热情在仿制药生产的惯性思维和现实利益的诱惑面前显得中气不足：中国在推行全球GMP标准的仿制药中处于领先地位，仿制药的许多市场需求在中国尚未得到满足，各国拥有知识产权的大量药品专利权在2010年前即将到期，越来越多的全球性制药公司将把仿制药基地和生产线搬迁到中国。处于单兵作战状态的本土药企，在这个“大梁”面前，心有余而力不足。把生物医药作为发展重点予以大力扶持的各地高新技术开发园区，即通常所说的“药谷”的出现，在一定程度改变了这种局面。生物医药园区提供信息服务、培训服务、研究开发服务、融资担保服务及政府行政审批等一条龙服务，尤其对中小科技型企业具有吸引力。创造有利的环境，扶持以中小企业为主体的企业集群将比扶持单体的中小企业更有效率。园区的建设还有利于上下游企业的关联配套，与单一企业自我配套相比，成本显然要低得多，化工企业、中间体企业、原料药企业和制剂企业、包装及辅料生产企业之间的配套和服务，形成了一个上下游衔接的产业链，而溶剂回收、下脚料的综合利用等又为进一步降低成本提供了可能。
药谷模式的出现，在医药产业结构和科研体制领域引发了根本性改变。单一企业从决定性角色，向生产环节回归。弱化企业的独立性的同时，作为影响新药研发绝对必要因素的“政府重视程度”、“知识产权保护”、“基础设施”、“现有产业”、“人力资源”等外部资源的介入空间被无限放大。上海张江药谷的发展经验显然具有代表性。张江药谷主要引进国际知名的生物技术项目和国内中药创新项目、研发机构，目的是积极开发和培育具有自主知识产权的新药品种，现在已经形成了包括教育、研发创新、生产、专业服务、销售在内的新药创制体系。这就使张江药谷在科技含量、构建平台设备、加强国际合作、产学研结合上出现了鲜明的亮点。而正在崛起的中关村医药科技圈则显示出与张江完全不同的属性。如果说张江的优势在于软环境，那么中关村的优势则体现在硬指标，依靠超凡的整体科技优势来促成中国传统医药产业质的飞跃。一南一北代表两种不同的发展思路。中关村药谷的突进式，是适应以研发为重点的新一轮市场竞争形势的全新模式，定位高端。但突进式发展通常缺乏可复制性。与之相比，张江药谷代表一种循序渐进的良性发展模式，更容易被借鉴。这是两种可以互补的发展思路，在优势强化和整体提高方面各具特长。
夹在两大药谷之间，数以百计的大小医药产业园区，也同样在打“集群效应”牌。但值得注意的是，集群效应可以优化资源，也可以造成人才和资金浪费。制药领域要求成果集成，也需要专业分工细化。组织松散、技术创新能力弱、缺乏战略筹划和信息沟通、低水平重复等问题如果不能得到解决，再多的政府支持、盈利热情和资本运作，都不能化解药谷变低谷的危机。
