藏族医学历史悠久。早在远古时代，生活在西藏高原的居民在同大自然作斗争中逐步认识到了一些植物的性能及其用于治疗的经验；在狩猎过程中，又逐渐知道了一些动物的药理作用。相传在公元前三世纪，就有了"有毒就有药"的说法。当时还没有系统的理论，主要靠三种疗法，即放血法、火疗法、涂摩疗法来治病。同时，还用酥油止血，用青稞酒治疗外伤等等原始简单的办法。
公元四世纪，天竺的著名医学家碧棋嘎齐和碧拉孜入藏，传播了《脉经》、《药物经》、《治伤经》等五部医典，对藏医学的发展起了积极的作用。公元六世纪以来，从内地传来了医学和天文历算；七世纪，文成公主入藏，带来四百零四种病方，五种诊断法，六种医疗器械"以及四种医学论著如《门介钦莫》（即《医学大全》）等。八世纪，金城公主入藏时又带来了许多医药人员和医学论著，并把其中一些著作译成了藏文，如《索玛拉扎》（即《月王药珍》）等等。
赤松德赞时期，藏医有了很大发展，出现了九大著名医学家，即玉妥.云登贡布、碧棋列贡、吾巴曲桑、齐齐谢布、米娘绒吉、昌提杰桑、聂巴曲桑、冬门塔杰和塔西塔布。其中玉妥.云登贡布最为有名。
玉妥.云登贡布（708-835年）是吐蕃王朝时期最杰出的医学家，曾担任过赞普的御医，是藏医学理论体系的奠基人。他走遍西藏各地，广泛搜集和研究民间医方，总结民间医药经验，还多次赴内地五台山以及印度、尼泊尔等地，拜中外名医为师，曾邀请著名中医学家东松（即韩文海）、印度医学家新提嘎瓦、尼泊尔医学家达玛锡拉、克什米尔医学家库雅巴等来藏研讨学术。他结合中外医学成果，编著了三十多部医学论著从而形成了藏医的一整套体系。随着医疗实践的发展，十五世纪以后，藏医逐渐形成了北方和南方两大派。北方派稍早于南方派，以强巴.南杰查桑为代表，南方派则以舒卡﹒年姆尼多吉为代表，他们分别总结了北部高寒地区和南部河谷地带的多发病及其治疗的经验，各有特点。
十八世纪以后，著名医学家帝玛尔· 丹增彭者广泛收集药物标本，编著了《晶珠本草》，收载藏区药名两千余种，对药物的形态、性味及功能等均讲述得十分详细。
公元一九一六年，十三世达赖喇嘛创办了"门孜康"（医算局），广招门徒，教授医药理论，对藏医藏药的发展，起到了积极的推动作用。
1959年西藏民主改革后，特别是党的十一届三中全会以来，藏医药得到了各级领导的进一步重视与大力支持，使其在西藏、青海、四川、甘肃等各藏族聚居地区都取得到了长足的进步。
