长期的生产、生活和医疗实践，以及独特的自然环境和地理位置，使藏医学逐步形成了自己独特的理论体系。其历史之悠久，内容之丰富、系统是仅次于汉族医学的一个完整的医学体系。
藏医理论认为，人体内存在三大因素，"龙"、"赤巴"、"培根"；七大物质基础，即饮食精微、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精；三种排泄物，即小便、大便、汗。三大因素支配着七大物质基础及三种排泄物的运动变化。在正常生理条件下，上述三者互相依存、互相制约，保持着相互协调和平衡，当三者中的任何一个因素或几个因素由于某种原因而出现过于兴盛或衰微的情况时，则变成了病理性的东西，而出现隆病、赤巴病和培根病，治疗上就需要对三者进行调整，使其恢复到协调状态。
龙：是维持人体生理活动的动力，其性质近似于汉族中医的风或气，但含义比中医的风或气更为广泛。
赤巴：译成汉语是胆或火，具有中医"火"行的性质。主要功能是产生热能，维持体温，增强胃的功能，长气色，壮胆量，生智慧等。
培根：译成汉语是涎或水和土，它相当于中医的津、涎，但含义较为广泛，与人体内津液、粘液及其他水液的物质和机能保持密切的关系。
关于疾病发生的机理，藏医认为归根到底是由于龙、赤巴、培根三者之间失去平衡和协调，使身体的元气受到伤害，而危及健康。因此，治疗目的，就是调整这三大因素的偏盛偏衰，达到重新协调的目的。
藏医由于民族风俗，对人体的构造有较具体和深入的了解，在各种传统医学体系中，可以说是最先进的一种。
藏医认为，七大物质中，以饮食精微最重要，其它物质均由它转化而来。血能维持生命；肉似围墙，保护身体；骨为支架，构成躯体；骨髓生精；精能生殖繁衍；脂肪荣润肤色。三种排泄物则是人体正常生理活动的产物。
人体内的器官，藏医认为也有五脏六腑。五脏指心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏，六腑指大肠、小肠、胃、膀胱、胆和三姆休。对于各脏器的生理功能，古代藏医用生活中的各种活动和所需的用品来作比喻。如：心脏---国王，端坐在宝座上，居人体胸腔的正中；肺脏---犹如大臣和太子，围绕着君王；肝脏和脾脏---似君王的大、小后、妃，远处在君王下端，介关系又很密切；肾脏---像一座房屋的脊梁，没有它，身体就不能成一栋大厦。它又如一国中的外戚；三姆休---相当于中医的三焦。但藏医认为，它在男性指精囊，在女性指卵巢，犹如一国中的珍宝库；胃---等于一个家庭中的炒锅，是用来盛装食物的，且负责把食物煮熟；小肠、大肠---在一个国家中，它的位置相当于王后的奴仆；胆---是一个风皮袋，内可盛装重要的东西；膀胱---在一个家庭中，好比一个储水罐，用来盛装水。
藏医认为，人身有360块骨头，其中脊椎骨28块，胁骨24块，牙齿32颗，四肢大关节有12个，小关节有210处，韧带16处，头有21000根，汗毛孔有1100万。
古代藏医民经叙述了人体内一些管线系统，即脉管，脉管有多种，可分为黑白两种脉。其中白脉十分重要，事实上相当于我们所说的神经。白脉起自脑部，《四部医典》中这样描述："从脑部脉的海洋里，像树根一样向下延伸，司管传导的脉有19条。"如受伤或患病，则可引起肢体的运动失调。关于黑脉，则相当于血管，认为它象树枝一样，有的与脏腑相连，有的与皮肤肌肉相连，更有微细的脉道遍布全身。
作为一种传统医学，藏医在当时还缺乏实验手段，尤其是没有精巧的仪器，难于有今天这样精密而科学的认识，但从上面的叙述可以看出，古代藏医已对人体粗略而笼统的认识，而且也是较为科学的。
值得一提的是，藏医学中的胚胎学，藏医在这方面有着辉煌的历史，也有很多成就。
藏医认为，胎儿是由父亲的精与母亲的血二者结合而成的，不论是父精，或是母血，只要一方有病，如隆、赤巴、培根有病，就无法受孕，如精或血的外观粗糙，颜色、粘稠度异常，气味不正等，都不会受孕怀胎。在没有显微镜足以观察到细如精子或卵子的结构时，这种描述不仅是自然可取的，而且具有十分重要的意义。因为在旧社会，总是把不孕的责任全归咎于妇女，而藏医却明确提出男女双方有着同样责任，这是完全符合科学道理的。
藏医还指出，胎儿的形成，还需要正常的"五源"条件。所谓"五源"，是指土、水、火、风、空。无独有偶，汉族中医也认为，胎儿形成后，逐渐发育，"四月而水受之，五月而火受之，六月而金受之，七月而木受之，八月而土受之"，二者不谋而合，只是藏医的"五源"与中医的"五行"稍有不同，中医的土，是发育的土地，而藏医的"空"，是胎儿发育的空间，意义上都相差不远，也都认为，这五种必须同时具备，缺一不可，而且五者应互相协调，胎儿才能正常发育。
中国有句古话，叫"十月怀胎，一朝分娩"。中医对胎儿发育的认识，也都以十个月为准，逐月叙述胎儿发育的情况，如南北朝时期的《逐月养胎方》就有"妊娠一月始胚，二月始膏，三月始胞，四月形体成，五月能动，六月筋骨立，七月毛发生，八月腑腑具，九月谷气入胃，十月诸神备，日满即产矣"的记述，用以观察描述胎儿的发育。对此，藏医的认识则更为细致而深入，它是以周日的时间为单位来认识和观察人体胎儿发育过程的，胎儿从形成到成熟分娩，需要38周的时间。
藏医对胚胎学的认识，在古代各国医学中，可以说是首屈一指的，从历史的观点看，更有其先进性。
