中药、西药两者治疗的对象都是人，都是在健康与疾病的观察与研究中逐渐积累的结果，因此，二者存在一些共同之处。但是同时，由于中医学和西医学对健康与疾病认识的方法论的不同，中医学与西医学间又有不通之处。西医学是以还原论为指导思想的，西医药物学亦深深地打上了还原论的烙印。发展至今天，西医药物学在取得了辉煌的成就的同时，也越来越暴露出其理论实践中的局限性。总结其局限性，大致可以概括为以下三个方面：①用药过度依赖客观检查，以至于在没有客观检查的帮助下，西药往往不知如何使用，而过多的客观检查又增加了患者的负担。②对药物作用过程中机体的差异性考察不足，治疗上常常只见病而不见人，用药公式化，不良反应多。③药物品种有限，疗效不一，不能适应临床疾病复杂多变的需要，许多疾病陷于无药可用的尴尬境地。相对而言，中医学在长期的发展中逐渐形成了司外揣内的直观化诊断方法，因人制宜的个体化用药模式，灵活多变、高效低毒的方药配伍理论，从而形成了完整的理法方药一体化体系。笔者认为，要解决西药使用中的三个弊端，仍然重复西医学原来的老路是行不通的，必须引入中医学的研究方法。
首先，可以借鉴司外揣内的中医诊断学理论指导西药直观化用药研究。中医学认为：内脏的病变可以由反映于体表的某些征象推测得知，司外以揣内是中医诊断学的主要方法。与现代医学过多依赖客观检查指导用药相比，中医以表知里的方法具有价廉、直观、方便、连续等优点，而西医由于没有明确的直观化用药依据，临床应用过度依赖客观检查，昂贵的检查费用又大大增加了患者的负担。由此我们推想，是否可以借鉴这些以表知里的黑箱方法发展西药的直观化用药呢？譬如阿司匹林可以退热，根据西医理论我们知道阿司匹林退热的机理是拮抗前列腺素，从而使体温调定点下移至正常，但是知道了这些还不够，并不能有效的指导临床，因为临床上患者并不会告诉您“我前列腺素多了”诸如此类的话，医生往往要凭经验针对发热这一主症治疗，有效有不效，甚至可能会出现一些不良反应。如果我们引入直观方便的中医学方法，情况就会大为改观。如中医的发热可分为恶寒发热、壮热、潮热、寒热往来、烦热等不同类型，根据经验我们知道阿司匹林退热时往往伴有出汗，“其在表者，汗而发之”，中医理论认为发汗法所治疗的是表证，表证发热具有恶寒发热的特征，阿司匹林所适合的是否就是恶寒发热这一类型呢？即使同为恶寒发热，根据舌脉兼证的不同又可分为太阳伤寒、太阳中风、风温表证、太阳伤暑、湿遏卫气、秋燥、伏暑、冬温、风水病、疮痈初起等不同情形。程国彭在其著作《医学心悟》中也反复告诫说：亦有头痛发热与伤寒同，而其人倦怠乏力、鼻不塞、声不重，脉来虚弱，此内伤元气不足之证。又有劳心好色，真阴亏损，内热晡热，脉细数而无力者。又有伤食病，胸膈满闷，吞酸嗳腐，日晡潮热，气口脉紧者。又有寒痰厥逆，湿淫脚气，内痈外痈，瘀血凝积，以及风温、湿温、中暑、自汗诸症，皆有寒热，与外感风寒似同而实异，若误汗之变证百出矣！当然这只是举个简单的例子，这些问题的确切答案尚需临床认真观察与研究。笔者认为，引入中医诊断学的方法，大力开展西药直观化用药研究，可以有效逆转西药应用过度依赖客观检查的倾向，增加临床用药的准确率。选择客观检查的目的不应该是单纯以客观检查指导用药，而应该是为了验证自己判断的正确与否，以更好地指导治疗。
其次，以因人制宜的中医治则学理论指导西药个体化用药研究。中医学认为：天有四时阴阳之不同，人有气血禀赋之各异，邪有深浅，正有盛衰，因此治疗疾病时必须详细分清患者具体体质的不同，并以此作为处方用药的重要依据，因人制宜的个体化用药原则是中医重要治则之一。徐灵胎曾云：天下同此一病也，而治此则有效，治彼则不效。且不惟不效，而反有大害者，何也？则以病同而人异也。夫七情六淫之感不殊而受感之人各殊，或身体有强弱，质性有阴阳，生长有南北，性情有刚柔……则病情虽中，而与人之体质迥乎相反，则利害亦相反矣。而西医对药物个体作用的差异性及其产生的原因研究不足，而且忽略了对特定药物敏感体质的共同外显特征的研究，因此在临床上出现用药公式化，这是西药临床应用的最大缺陷。笔者认为所谓毒之与药，异名而同类，用之得当，毒即是药，用之不当，药即是毒。西药毒副作用的产生，很大一部分就是不辨体质类型、盲目用药的结果。临床用药既要重视病的因素，又要重视人的因素，强调个体化用药是增进药物疗效、减少不良反应的有效方法。
第三，引入高效低毒的方药配伍理论指导西药复方化研究。虽然综合病与人两方面因素指导用药已经较为合理，但是药之于病、药之于人多有不能尽合者。病之所需，药之所缺，则不能疗其病；药之所有，病之所无，人所不需者，则会发生不良反应。中医为了解决这类矛盾，创立了完整的中药炮制、配伍、组方理论，尤其是方药配伍理论，曲尽权变之能事，通过药物君臣佐使之配合，甚至使整体的方剂产生了单味药简单相加所不具有的功效，追求的目标是药物通过配伍后能适应临床病症千变万化的需要。徐灵胎曾言：方之与药，似合而实离也。得天地之气，成一物之性，各有功能，可以变易气血，以除疾病，此药之力也。然草木之性，与人殊体，入人肠胃，何以能如之所欲，以致其效。圣人为之制方，以调剂之，或用以专攻，或用以兼治，或用以相辅者，或用以相制者。故方之既成，能使药各全其性，亦能使药各失其性，操纵之法，有大权焉，此方之妙也。近世医家蔡陆仙也说：若夫方之与药，其功用又迥不相侔。盖药仅有个性之特长，方则有合群之妙用，一也；药有益而即有害，方则有利而无弊，二也；药则功力有限，治病之范围狭小，方则裁制随心，临症之应变无穷，三也……不明方义，不足以尽药物治疗之功能，不明剂制，不足以定方药轻重之标准。为解决西药临床病多药少，疗效不一，副作用大的弊端，迫切需要开展中医理论指导下的西药复方化研究。大力开展中医理论指导下的西药复方化研究，以修合药性，适应具体病情变化的需要，使药物发挥最大疗效、最小毒副反应，必将是未来西药的发展方向。中国加入WTO后，知识产权保护越来越被重视，此时开展西药复方研究具有更深一层的现实意义。
西药临床应用的三大弊端由来已久，奈何却似乎并不受重视，即使出了严重的不良反应，或责之于药，或归因于患者，难道就不是用药不当的过错吗？甚至现在临床上很多中医大夫也都想当然地认为药物不良反应不可避免，如此流弊相传也久矣！笔者认为：只有借鉴中医学的方法，大力开展西药的直观化、个体化、复方化研究，才能有效的解决西药临床应用的三大弊端。从另一方面说，现在的中医药学研究多是以现代医学的实验、分析等方法探讨中药作用的机理，结果发现许多原来认为“低毒”的中药现在却有了明显的毒性（如龙胆泻肝丸事件），这中间的差错到底出在哪儿呢？其实这并没有什么值得奇怪的，因为中药高效低毒的奥妙往往并不在于药而更在于用，而西医单纯分析的视角研究中药背离了中医学的基本方法，方法就是路，路走错了，又怎么能不出问题呢？！这种“怪”现象之所以出现恰恰正是现在流行的中药西化的必然结果。中医具有先进的哲学方法论，中医应该主动把这种先进的方法贯彻到西医西药的研究中去。
