《公司法》出台后，随着政企分开，企业的经营自主权已不应再受到来自政府的干预。然而安徽省涡阳县第一医药有限公司的经营及GSP认证，却遭到了县经贸委的干涉。
涡阳县第一医药有限公司前身是县中西药经营部，成立于1994年，隶属于涡阳县医药总公司。当时该经营部一无办公地点，二无一分钱资金，三无药品经营许可证。为了使公司能够正常运营，职工自己筹措了一些资金，并经与县工商局、省市卫生局多方联系，取得了合法执照。1996年涡阳县中西药经营部获得经营许可证，更名为涡阳县第一医药公司。但在变更营业执照上的企业名称时，被告知“第一医药公司”的名称不符合规定。因为按《公司法》规定，“公司”前必须加注“股份”二字。1997年，第一医药公司申请改制，县体改办说，该公司无国有资产，无法人资格，故不用改制，只须设立股份公司即可。1998年第一医药有限公司获得企业法人营业执照，企业类形为国内合资（有限责任）。2001年企业换发《药品经营许可证》时，当时的县医药管理局将该股份公司的设立视为改制，且未经主管部门批准，不具有合法性。故许可证的经济性质一栏仍写为国有，企业名称仍为第一医药公司。该公司证、照的不统一，为公司经营带来许多不便。
2003年3月7日，第一医药有限公司向安徽省药监局提出了变更名称的申请。3月13日，省药监局批准更换了该公司《药品经营许可证》的正、副本。就在该公司统一了证照，准备进行GSP认证申请时，令第一医药有限公司始料不及的是，3月11日，县财办发出通知，将包括第一医药有限公司在内的四家企业重组，成为涡阳县药业发展总公司，同时免去了四家公司的企业法人职务。4月14日，县经贸委在《关于成立涡阳县药业发展总公司有关事宜的说明》中称，原涡阳县第一医药公司的所谓改制，没有通过原医药局及主管部门，不具有合法性。同时称原企业不再予以登记注册。6月10日，县经贸委又向亳州市药监局发出《关于我县原四家国有医药企业不再进行GSP认证的函》，称重组后的涡阳县药业发展总公司召开股东大会，同意只认证总公司。但据第一医药有限公司法人张贵祥称，所谓股东大会根本未召开过。
GSP认证本应是企业行为，为何遭到政府的行政干预？
县经贸委副主任高杰说，第一医药有限公司的前身??第一医药公司，虽没有一分钱国有资产，但企业的名称是国有的，这块牌子是无形资产，所以原医药管理局始终将其算作国有企业。
药品经营企业只要有合法证、照，且一年内未销售过假劣药品，就可申请GSP认证。目前涡阳县第一医药有限公司已具备上述条件，但却不能申请认证，企业的自主权如何体现。
