针对可能卷土重来的非典型肺炎（ＳＡＲＳ）疫情，台湾从１１月１日起全面启动防疫系统，预计全岛将为此投入经费５亿元新台币（１美元约合３４元新台币）。
根据世卫组织今年８月中旬的统计，台湾地区今年上半年爆发的ＳＡＲＳ疫情中，共发现ＳＡＲＳ病例６６５例，其中死亡１８０人，死亡率高达２７％。为预防可能重来的疫情，台湾目前正陆续展开有关防疫工作。
据悉，未来一段时间内，台湾防疫工作的重点是控制流行性感冒，从而避免流感与ＳＡＲＳ混淆所造成的恐慌。目前，岛内医疗机构已开始给６５岁以上老人及高危人群注射流感疫苗，同时再辅以抗病毒药物，希望能达到９０％的预防流感效力。同时，卫生部门还将加强对疫情的监控。
从１１月１５日起，卫生部门还将启用“１７７发烧专线”供人们拨打；从１２月１５日起，各机关、商店及学校将开始量体温，前期先从劝导测量开始，一旦疫情爆发就要强制执行。其它一些防范措施还包括：各大医院进行“感控演习”、举办有关流感及ＳＡＲＳ防疫的学术研讨会等。
由于今年初疫情爆发时，岛内医疗体系曾面临病房不足的问题，为此有关部门已经成立“感染症防治医疗网”，并于全岛各县市规划了２２家感染症防治医院，这些医院至少都有４０个负压隔离病房，可以专收ＳＡＲＳ病人。
