何谓“短板效应”呢？道理很简单：一只木桶到底能盛多少水，取决于桶帮上的那块最短的木板，而不是取决于那块最长的木板。在医药经营企业实施GSP过程中，企业药品经营质量管理的好坏，同样取决于管理过程各个环节中的那个管理最差的环节。只要其中一个环节出了问题，整个经营过程都会受到影响，这就是通常所说的企业经营中的“短板效应”。
药品经营企业“短板效应”的存在，常常令药品经营质量管理者伤透脑筋。摆在其面前的问题有两个：一个是采用怎样的管理手段才能确定哪一块是最短的“木板”。也就是说，通过推行GSP来规范企业的经营管理，确保每个环节都优秀，当某一环节出问题时，能通过科学的管理方法和措施立即找出问题环节所在。另一个是制定管理制度，使那块最短的“木板”变长，换言之，就是通过实施GSP来强化每个环节的规范化管理，使强的更强，弱的变强，确保出问题的环节得到及时的纠正和规范。第一个问题旨在追究那块导致药品经营管理整体质量低下的“木板”的个别责任，借此可以治标；第二个问题则是建立一种能被全体员工所认可的预警系统，通过一定的管理手段，使木桶四壁的木板依照一定标准整齐划一，从而达到治本的目的。
在传统的药品经营质量管理模式中，医药企业通常采取事后控制的方式来管理，即由企业管理人员，在药品经营中的药品购进、入库、验收、保管、开票、定价、收款、发货、核对、登记、做帐、统计等各个工序中进行监督管理，以这种传统的管理手段为主进行药品经营质量管理。一旦发现哪个环节出现问题，领导层则通常采用召开“事故调查论证会”、“质量事故现场会”、“事故原因分析会”、“事故处理研究会”、“事故处理通报会”、“事故处理教育会”等方法来处理经营质量事故，要求全体员工从中汲取教训，并通过扣发奖金和质量事故赔偿的方式，来追究质量事故有关人员的责任或过失。
但是，经营企业实施GSP过程中的难度表明，靠这种“教＋罚＋赔”的管理模式，试图使药品经营各个环节出错率降到最低程度是不可能的。因为，药品经营质量事故的发生，可能是操作者非故意过失行为所致，也可能是操作者故意所致，也许是一些不能明辨的原因所致，但不论出于什么原因，其结果是相同的。这种“教＋罚＋赔”管理模式不仅需要建立在员工群体高度自觉的基础上，而且，即使员工群体在质量控制方面满足了这样的条件，达到了相应的标准，也不能完全避免那些因个别员工非故意的过失行为而招致药品经营过程中过错的发生。
要解决好上述问题，实现既治标又治本的目标，从根本上实施GSP，以提高药品经营企业管理水平，首要的就是要走出传统药品经营质量管理的误区，进行经常性的岗位质量管理，将GSP的管理关口向前移。在整个药品经营组织内部的各个环节，要采取提高经营活动和过程的效益和效率的各种措施，确保每个环节都能按照GSP来履行各自的岗位职责。这样，整个企业的药品经营管理就能够达到GSP的要求，“短板效应”也能够有效克服了。
