皇汉医学
幕府末期，江户的医学所、长崎的精得馆等地方西医已被公认，后来在鸟羽、伏见之战及其后的维新战乱中，证明西医治疗伤病员比没有外科手术的中医更有效，这就提高了西医的信誉。
但是，明治初年皇汉医道曾一时复活。和算是民间的东西，但医学和天文历道都是维持天皇执政时代以来的传统，即使在江户时代，医学也深入到朝廷的权威当中。到明治维新为止，多纪家的医学馆一直在幕府的庇护下夸耀其权威。他们（柳田真卿、尾台良作、今村亮）乘维新当初的复古风潮，增加来自日本医道方面的成员（权田直助、井上赖国），于明治3年（1870）向墨守旧弊的宫中大臣提出在大学（相当现在的文部省）设置皇汉医道御用挂并取得成功。
然而复古派的倒退是暂时的，虽然幕府末期产生的中西医间的斗争复起，但在新政府领导之下中医失势。其直接原因是西医的实用性，特别是军医的外科手术，以及和外国人纠纷方面需要的法医都是中医所不能胜任的，同时西医和富国强兵、修改条约等宏誓大愿也相一致。
明治7年（1874）公布《医制》。明治9年1月规定《医生开业考试法》，现有的中医也完全一样用西医学考试，不及格就不能重新开业。实际上中医方面占绝对多数，根据明治8年的《内务省卫生局第一次年报》，全国医生约23，000人，中医占半数以上，明确能说是西医的只有5，000人，占总数的二成强，光靠西医不能充分满足需要。同时药品一般也是中医方面价格便宜，而且相信中医的，大多数是民众，再加上关系到数万名中医的生活问题，所以中医继续存在的运动不是学术上的问题，而向政治运动方面发展。
无论西方人还是日本人，作为人类的体质几乎没有什么不同，所以近代西方医学照样也适用于日本。但关于日本的风土病，特别被称作国民病的脚气，西医也是无能为力的，当时其病因还没有查明。
那时老中医远田澄庵的处方是脚气病的妙药，名声很高。明治11年（1878）在神田一桥设立脚气施疗医院，曾就脚气病的治疗问题对中西医学的优劣进行了比较研究。其结果，没有发现绝然不同，但远田将自己的处方作为祖传秘法，拒绝公开。因此人们谴责中医闭锁、见识狭小，失去世人的信任。其后海军高木兼宽找出脚气病的真正原因在于营养不良，明治13年（1910）铃木梅太郎进一步发现了维生素B。
明治12年（1879）中医方面成立温知社，以浅田宗伯为社长，纠合了以幕府医学馆为中心的许多同仁，发行机关杂志《温知医谈》。尽管日汉医术落后，他们还是运动官厅，要求批准日汉医生开业。还要求在东京大学医学院设立实地经验科，谋求皇汉医的培养。后来温知社和熊本、京都有势力的中医流派一起，继续向元老院请愿，但运动陷于僵局。明治20年（1887）温知社解散。
明治23年（1890）帝国议会召开时，中医派又结成帝国医会。一要求修改医生许可规则和医生开业考试规则，考试科目也强迫采用东方医术独有的东西，得到五万以上中医的支持并赞成署名，开展大规模的议会请愿运动。但在明治28年（1895）的第八届议会上被否决，这个运动也就此告终。中西医学围绕医制问题在政治上的争执，结果逐渐消失对中医学的信任，以诊疗费为经济背景的中医活动便自行消灭。
在中医学的根据地中国，近代化的速度远比日本落后，西方医学在十九世纪专门作为西方人传教活动的一环而进行渗透。另一方面，一般说来中医的势力根深蒂固，没有达到像日本那样将中医从医疗制度上驱逐出去，而是中西医学并存，直到现在。日本的情况是，因牵涉迅速欧化和近代化政策，乘着对传统的、经验的遗产——中医学还没有充分进行近代化手术的时候，中医就被非合法化，受到近于民间一般信仰的对待而停止活动。
本草
本草学原来是以为中医学的处方确定药草为主，但从十八世纪初以来，其对象范围逐渐扩大．开始出现物产学的内容。幕府末期在西博尔德的影响下，像宁田榕庵、饭招欲斋那样在本草学家之间已经知道林耐①式的自然分类。过去本草从属于医学，按其用途和外形人为分类，如山草、湿革、毒草、药草、芳草、乔木、灌木，而现在从这种传统本草学转变过来，接近于纯粹为知识而求知识的自然科学态度了。同时从幕府末期起，在药学方面，对西方化学药品的关心和需要不断提高，但从作为探索物之名实的博物学家的本草学家不能转变为近代药学家。
然而，从凑集博物标本举办物产会中，却有人想把过去往往认为是好事者所做的本草学和新兴产业结合起来，如明治初年活跃于博览会的田中芳男就是这样。接着不久，在明治一十年代，博览会的内容也从对博物的兴趣转移到对产业技术的关心上。
在西方，药剂师古来就作为独立于医学之外的职业而存在，医药分开早就有其基础。但日本的本草药剂学是从属于中医学的，所以在明治维新时便与中医一起走上共同衰落的命运。
留给本草学家一条真正的道路就是通向近代植物学的道路。承应元年（1652）幕府所设的小石川御药园，在明治10年（1877）归属于东京大学，关田部良吉为园长，伊藤圭介为编外教授。这里不仅是药草，还种一般植物，但本草的色彩一直继续到明治中期开始的时候。
以伊藤圭介为中心，栗本锄云、田中芳男、小野职效等剩下来的本草学家，于明治21年（1888）创立了“多议会”，他们聚集在东京两国桥香树园，集中珍品举办了物产会。物产会里与博物局有关的人济济一堂，几乎完全忽视和大学有关的人。本草学家完全脱离近代的学会，不懂近代的学术研究方法，即探求生物的构造、性质和发育状态，后来这个学统逐渐衰落。朝比奈泰彦所以开辟了生物药学的道路是由于他在德国学了近代化学以后亲手研究日本的资料的结果，与本草学传统没有直接关系。近代的生物药学是由于关注于纯化学而形成的，不能纳入近代医疗体系。
一般和算、历学、中医学、本草学等传统科学研究者，在维新的激烈变动以后的欧化热中，连自觉转到西方科学的不抵抗者也不容易越过他们自己的修养界限，当受过近代系统科学教育的大学出身的专门科技人员出现时，他们完全丧失了存在的意义，从第一线退了下来。新的一代与其说是传统科学的接班人，不如说是直接跟外国教师和洋书学习的一代人，不需要传统科学的修养，甚至前辈们的存在也成了障碍。不过可以说，所以能使人们认识到西方科学的优越性，则是因为存在着可以与之比较的传统科学。
若将日本和中国引进西方科学的次序比较一下，可以发现如下的情况。在日本，兰学时代是以医学为中心引进西方科学。在中国，洋务派中间却认为数学、测量第一，医学方面则完全缺乏。
在日本，历道、和算方面在明治维新时期发生无人继承的现象。但却产生想从医学方面学习其基础即究理的思想，在人才上和其他领域不同，如彭贝①的弟子们那样，使幕末时期与维新时期连续起来。
在中国，对数学、测量学的认识，可以在十七世纪利玛窦以后的西方历算学传统的连续上找到。如算式和符号也是竖写，采用中国方式。看不到在日本的从和算到洋算这种世代交替的现象。而且其认识则是海防思想的一部分，伴随着有对武器生产需要的认识，但究理学是基础这一认识是不够的。医学方面，中国传统医学不受西方医学的影响，完全没有起到近代学问的先锋作用。
