传统医学上的非典型肺炎是相对典型肺炎而言的，典型肺炎通常是由肺炎球菌等常见细菌引起的。症状比较典型，如发烧、胸痛、咳嗽、咳痰等，实验室检查血白细胞增高，抗菌素治疗有效。非典型肺炎本身不是新发现的疾病，它多由病毒、支原体、衣原体、立克次体等病原引起，症状、肺部体征、验血结果没有典型肺炎感染那么明显，一些病毒性肺炎抗菌素无效。
非典型肺炎是指一组由上述非典型病原体引起的疾病，而不是一个明确的诊断。其临床特点为隐匿性起病，多为干性咳嗽，偶见咯血，肺部听诊较少阳性体征；X线胸片主要表现为间质性浸润；其疾病过程通常较轻，患者很少因此而死亡。
非典型肺炎的名称起源于1930年末，与典型肺炎相对应，后者主要为由细菌引起的大叶性肺炎或支气管肺炎。60年代，将当时发现的肺炎支原体作为非典型肺炎的主要病原体，但随后又发现了其他病原体，尤其是肺炎衣原体。目前认为，非典型肺炎的病原体主要包括肺炎支原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、军团菌和立克次体(引起Q热肺炎)，尤以前两者多见，几乎占每年成年人社区获得性肺炎住院患者的1／3。这些病原体大多为细胞内寄生，没有细胞壁，因此可渗入细胞内的广谱抗生素(主要是大环内酯类和四环素类抗生素)对其治疗有效，而β内酰胺类抗生素无效。而对于由病毒引起的非典型肺炎，抗生素是无效的。
非典型性肺炎(SARS)是指还没找到确切的病源，尚不明确病原体的肺炎。目前特指在中国2003年流行的非典型性肺炎(SARS)。
中国2003年流行的非典型性肺炎，由于医疗部门不能明确地找到致病的原因，所以在对本病的命名上曾经有过一些曲折，一开始医务人员给了它一个临时性的名字————“不明原因肺炎”(Unexplained pneumonia，简称UP)。这种诊断在临床上对原因未明的疾病是允许的，也是比较常见的。后来，由于对本病的流行病学以及病理有了进一步的了解，知道这是一种最早是在医院外所患的感染性肺实质的炎症，于是提出了“社区获得性肺炎”(Community acquired pneumonia，简称CAV)这一诊断。最后根据患者的临床表现以及不能培养出细菌，对普通的抗菌无效等重要依据，“非典型肺炎”(Atypical pneumonias)这一诊断终于浮出水面，并见之于众多媒体，成为最权威的说法。而有的专家倾向于认为非典型肺炎就是过去特指的由支原体、衣原体所引起的肺炎，由于这次发生在广东的肺炎已基本排除了支原体、衣原体感染引起，故不能称为非典型肺炎，应该称为“非典型的肺炎”或“非典型性肺炎”以示区别。
