在其配方中，大黄、黄芩、桔梗、甘草、生石膏虽然用量较大，但它们毒性较低；牛黄、冰片毒性亦较低，且用量较小。惟有雄黄毒性最强，用量大，其主要成分硫化砷，含砷约75%，含硫为24.9%，遇热易于分解氧化，变成有剧毒的三氧化二砷，即俗称的砒霜，其毒害作用可影响到神经系统、消化系统和泌尿系统等，少数病人还会因此而发生过敏反应，表现为药疹和休克。
牛黄解毒丸，每丸0.3克，含雄黄0.096克，成人每日雄黄量不得超过0.15～0.30克，故牛黄解毒丸成人每日最多服3粒。牛黄解毒片有大片与小片之分，大片每片0.6克，含雄黄0.05克，小片每片0.3克，含雄黄0.033克。因此大片成人每日服用不得超过6片，小片成人每日服用不得超过9片，孕妇与过敏者忌服。
