一些比较隐蔽的、潜伏在孩子身上的精神疾病的因素也可以直接影响孩子的学习。
一、儿童忧郁症。该病在小学生中的发病率较高，而且常常是在亲人长期远离或突然亡故后发作。儿童忧郁症在早期主要表现为对读书没有兴趣或丧失自信心，成绩陡然下降而且伴随着情绪低落、动作缓慢、不爱活动等表现，有些病儿可能在读书时还会感到身体不适（如诉说自己头晕、头痛或是腹胀等），导致学习兴趣下降。但是详细检查后，却未能发现明显的器质性病变。
二、儿童神经官能症。这是一种神经机能（以心理因素为主）失调的病症，家庭教育方式不妥和心理矛盾调试不当容易引发该病，其主要表现就是我们通常所说的“神经过敏”（即对突然出现的刺激容易产生过度的惊恐反应）。例如，强迫性的怕动物、怕昆虫。他们在上课时会不停地数数字或重复做一些玩弄手指、衣角的小动作，导致不能专心听讲，影响学习效果。
三、智能（精神）发育不全。此病按其严重程度可分为三类，即轻度、中度和重度智能发育不全。中度和重度症患儿一般是不适合在普通学校接受教育的。轻度症患儿虽然能够接受文化教育，但因他们的理解力和接受力落后于正常儿童，因此可能难以跟上普通的教育进度，这就需要家长或教师付出更多的心血，反复、耐心的教育。精神发育不全的发病因素很多，如母亲孕期感染或被放射线照射过多等。患该病的孩子会出现分不清事情的主次、容易激动、克制能力较差等症状，因此容易受他人欺辱，乃至上当受骗。
四、儿童期精神分裂症。患这种病的儿童主要表现为孤独、怪僻，不易接受新事物，常避开周围的同学，对任何事物都缺乏兴趣，因而学习成绩不佳。而且上课时还要做一些单调的小动作，对父母等亲人的感情冷淡，严重者会发展到不注意个人卫生、换衣服、洗脸都需要别人催促。这样一来学习成绩会越来越差，以前所学到的知识、技能也会逐渐遗忘。
此外一些情绪不稳定，容易激动，冲动的患有癫痫病症的儿童，难以适应正常的学习生活，因而学习成绩低劣。
综上所述，小孩发生学习困难，成绩不理想，并非都是孩子贪玩等主观思想因素的问题，实际上他们自己也可能有受精神疾病因素困扰的不得已之苦衷，家长或是教师发觉孩子经常出现上述病症时，应及时到精神卫生中心（或是心理咨询所）接受诊治，采取必要的药物治疗和心理治疗，这样才能有利于孩子的学习进步和健康成长。
