在历史上，瑶族人民在预防医学方面也总结出丰富的经验。如瑶族先民很早就认识到某些疾病是可以互相传染的，当隔离了病人或焚烧其尸或迁徙其居，就能预防某种疾病的传播。《开建县志》：瑶族“惧患痘，有出而染者，不得复入”。在《阮通志》中有这样的记载：“有病殁，则并焚其尸徙居焉”。瑶族对天花等烈性传染病，“采取严禁天花患者回归原来材寨居住的方法，将病人与居民隔离开，以减少这种疾病的流行”。这种隔离方法在广东连南瑶族自治县八排瑶族地区及广西金秀瑶族自治区县的罗运地区都曾采用过。瑶族许多地区有火葬的习惯。火葬既达到消灭传染源的目的，又可保护环境免受污染。这种文明的葬礼，也正是当今社会所提倡和推广的。
瑶族的村规民约，也反映了瑶族预防医学历史的又一个侧面。如《瑶家河规》中规定：“不能乱倒杂物污染河水”。瑶族的“石牌”中也有关于不得乱放药毒鱼的规定。这都说明了瑶族人民在与疾病作斗争中很早就认识到疾病可以传染，用隔离或消灭传染源的方法可以制止传染病的流行，用预防的方法可以减少疾病的发生，并采取了简单易行而有效的隔离方法及地方法规性的环境保护措施。瑶族人民就是将防与治紧密地结合起来，从而保证了本民族的健康、繁衍，也为人类的健康作出了贡献。
特殊环境造就的独特瑶族医药，具有浓厚的地方、民族特色。过去由于种种历史原因，瑶族没有自己的文字，瑶医药缺乏系统的整理和专著记载。但是在瑶族民间，瑶族医药已形成自己的传统。她不仅广泛流传于民间瑶族医生中，还大量存在于民族风俗习惯之中，其内涵十分丰富，诊疗方法多彩独特。如在诊病方法上，除了采用望、闻、问、触并以问诊为主的方法外，常用的还有面诊、目诊、耳诊、舌诊、掌诊、足诊、甲诊、腹诊、药物诊等，总结出了风、锁、痘等病症名称。在治疗方法上，除了采用瑶山丰富的动植物药内服、外敷、外擦、药浴、，药挂、药佩、药熨、药灸、药垫等外，还常使用针灸、磁灸、骨灸、蛋灸、火灸、艾叶灸、打火罐、按摩、刮痧、挟捏痧、杉刺、阴阳火攻、熏洗、神火滚按、割治、针刺、陶针、植物刺等方法治疗疾病。治疗的病种有：内科、外科、妇产科、儿科、五官科、皮肤科、神经精神病科等。对于毒蛇伤害，跌打刀伤，风湿瘫痪及避孕绝育的治疗，也有许多特效良方。在长期与疾病的斗争中，瑶族先民对于一些特殊的人体生理及病因也有了初步的认识。对于用药，基本上都采用山区盛产的民族药（草药及动物药），并以鲜用及饮片为主、部分经特殊炮制后使用。其用药历史极其悠久，在实践中还根据药物的性味功能及所治疾病的特点总结出独具一格的“五虎”、“九牛”、“十八钻”、“七十二风”等104种瑶医常用药。
