西藏藏医学基本理论的依据是稀奇罕有的《四部医典》，此典中记载了详细的藏医理论，可是因篇幅有限，只能简单地介绍理论要点。人体无病期间维持的三大因素，七种物质包括乳糜、血、肉、脂、骨、髓和精，它们均可在赤巴产生的热能作用下，渐变成“精华”，“精华”散布全身，使人发育成长，保持健康。三种排泄物包括粪便、尿和汗，可以通过它们将体内的废物排出体外。特别是藏医对胚胎发育过程的论述很细致，指出当男女同房时，男子精液进入子宫同女子经血混合即可受孕，孕期三十八周。精液是人体中最上等的精华，它产于睾丸，功能遍布全身，使人容光焕发、健康长寿。三大因素中的隆是气，聚集在脑髓、心肺和骨骼里，主管呼吸、循环、感觉、运动；赤巴是火，分散在肝脏和血液中，促进消化、吸收热能和产生智慧；培根是水和土，存在于脾、胃、膀胱内，可以调节消化及水分代谢，影响人的体格和性情。特别是持命龙（索增龙），位于头顶大安脉轮，运行在喉头、胸部等处，管理饥食渴饮，呼吸空气，吐出唾液，打喷嚏、打噎嗝，在意识器官保持清畅。上行龙（紧久龙），位于胸部，在鼻、舌、喉头等处运行，作用是语言、增气力、焕发容颜，使记忆器官保持清畅。通行龙（恰不欺龙），位于心脏，在全身运行，功能是支撑身体，司行走，伸缩，主口、眼开合。平住龙（麦娘姆龙）位于胃部，运行在内脏，功能是主消化，将饮食物分解为精华与糟粕，补偿损伤。下泄龙（吐塞龙）位于肛门，运行在大肠、膀胱、密处，大腿内侧等处，功能是控制精血、大小便的排泄和胎儿的降生。
消化赤巴（久寄赤巴）位于胃位的消化和未消化的食物中，功能是主消化，将食物分解为精华与糟粕，产生体温，伴随其它四种赤巴增生力量。
变色赤巴（当久赤巴）位于肝脏，其功能是将精华全部变色。能作赤巴（珠奇赤巴）位于心脏，功能是产生自豪、智慧与欲望、上进心与勤奋。明视赤巴（通奇赤巴）位于眼睛，功能是司视觉。明色赤巴（朵赛赤巴）位于皮肤，功能是滋润皮肤，发生光泽。
能依培根（丁奇培根）位于胸部，功能是其它四种培根的基础。能化培根（能奇培根）位于胃部未消化的食物中，功能是使胃部的食物磨烂。能味培根（穷奇培根）位于舌部，功能是司五官。能足培根（仓奇培根）位于头部，功能是司六识。能合培根（久奇培根）位于全身的关节处，功能是链接关节，主伸缩。
隆、赤巴、培根既被用来解释人的生理活动，还被用于区分人的类型。根据身材、肤色、性格特点，人被区分为隆型、赤巴型、培根型和各种混合型。隆型的人身材窈窕、肤色微黑、性情活泼，特点是多愁善感、性欲旺盛、喜好娱乐；赤巴型的人身材适中，肤色微黄，性情急躁，特点是才智聪明、嫉妒心强、喜好争斗；培根型的人身材魁梧，肤色白润，性情温和，特点是举止稳重、胸有成竹、喜好娴静。上述人的性情和年龄的差别来分成龙、赤巴、培根。针对此三大因素对整个人体解释范围很大，可是疾病的内因决定于人的类型和年龄，外因则主要是季节、气候、环境，起居和饮食的变化。三大因素、七种物质、三种废物平衡失调，均可导致疾病。依据七大物质及三大废物，还有持命龙等十五类共二十五种在身体未有偏高、偏弱、不正常的运动的情况下，是保证身体健康的主要因素。特别是三大因素和七大物质及其三种废物在互相不断矛盾之中，互相依赖缺一不可，此为人体形成、存活、死亡的根本原因，是上述已讲的三大因素等二十五种的论述，此论在藏医基本理论学中起到了很大作用，也是藏医临床医学的唯一依据。尤其是心里引起的贪欲、嗔怒、痴愚，使产生的龙、赤巴、培根病分为龙病有４２个疾病，赤巴病有２６个疾病，培根病有３３个疾病，共有１０１个疾病，比这些详细的还有４２４个疾病等。祖先们留下来的临床医典中记载得很多。上述所说的要点是龙、赤巴、培根的疾病及作用的结果。所以《四部医典》第八章中记载了：发病的总因，由于没有正确地理解无我的本性，从而产生了无明；犹如鸟儿自然在空中翱翔，但它和自己的影子始终不能离开。一切众生虽然安乐地生活着。特别是由于无明而产生的贪欲、嗔怒、疾愚三毒之故，使龙、赤巴、培根失调，产生了三种疾病。
近因，由于破坏了龙、赤巴、培根三者的平衡状态而产生了疾病，危害着身体。赤巴紊乱时，身体的元气就要受到燃烧之害。因为它的本性属火，虽然位于身体的下部，然而也能向上燃烧，所有的热症均由它产生。培根紊乱时，身体就要降温。因为它的本性是属于土和水，沉重而凉，虽然位于身体的上部，然而也能向下坠落，一切寒症都是由它产生。龙具有寒热两者的性能，当有太阳时，则成为燃烧身心元气的伙伴；当有月亮时，则成为寒冷的伙伴。因此，龙在身体上下、内外各处运行着，是寒热紊乱的主因，所以龙是产生一切疾病的总原因。另外藏医古代医书《医学宝库》中疾病的根因是培根；疾病的发病头是龙，疾病的病毒是赤巴等关于三大因素方面详细地记载了很正确的道理。此对藏医的基本理论《三大因素论》，证明了已经具有相当的科学水平。依此发病的起因特多，归纳时令、邪气、饮食，起居等均能影响疾病。六门之中某些疾病侵入皮肤，进而扩展至肌腠，向里行入血脉，再里进入骨髓，有的降至五脏，有的坠入六腑。培根依于脑，处于上体；赤巴依于肝、胆，处于身体的中部；龙依于腰部，处于身体的下部。这些理论对医生思考诊治病情很有益处。还应简述三大因素运行的通道，龙运行的通道是骨骼、耳朵、心脏、大肠。赤巴运行的通道是血、汗、眼睛，肝脏、胆及小肠。培根运行的通道是精微、血、肉、脂、髓、精液、尿、耳、舌、肺脏和脾脏、胃、肾、膀胱。上述所讲的三大因素运行的通道在藏医诊断上起到了很大的作用。例如：龙运行的通道是骨、耳、汗、心脏等，这些位置出现于（饮食轻而粗粝）打呵欠时身颤抖，伸懒腰时起寒懔，两胯和腰部的关节皆疼痛，痛处常常游移无定处，干咳作呕，五官感觉迟钝，心情烦燥，饥饿时感腹痛等，可以决定龙的疾病。赤巴和培根也同样依此类推。另外发病及疾病发展过程中老年人龙的成份大，壮年人赤巴成份大，儿童培根成份大，这是说与年龄有关系，严寒霜冻之地是龙之域；干燥炎热之地是赤巴之域；潮湿沮洳是培根之域。龙病多发生于夏季，日暮、黎明是发病期；赤巴病多发生在秋季，中午，半夜是发病期；培根病多发生在春季，初夜、上午是发病期。以上述发病的时间来推论诊断及治疗如下：某一位患者身体虚弱而年龄比较大，住在高寒，发生季节是夏天，日暮、黎明，诊断为重度龙病。同时日暮和黎明治疗龙病更有原理。赤巴和培根也依此推论。藏医对死亡患者有很多论述，主要分为九种绝症，使得福寿诸善完全消失。病入膏肓无可奈何。龙病过期，治疗已晚，热症内灼，引起高热，寒症冷侵，导致沉疴，体力不支，诸虚百损，结果形成致命的九种绝症。医生们在对有的疾病治疗期间，病人不注意饮食及起居时，容易引起十二变法，例如：龙治龙消，同时出现赤巴病和培根病，或龙治龙未消同时出现赤巴病和培根病。赤巴治赤巴消，同时出现龙病和培根病，或者赤巴治未消赤巴及出现龙病和培根病。培根治培根消，同时出现龙病和赤巴病；或者培根治，未消培根有出现龙病和赤巴病等十二变法来阐述龙、赤巴、培根相互变化或转归过程。
因此医生和病人饮食，起居不适当时，虽然一种疾病在治疗过程中被消失，但有可能引发另一种疾病，因此，严防另一种疾病的发生及其所带来的副作用尤为重要。
关于此情，《四部医典》中记载：四百零四种疾病，归根结蒂离不开寒热两种，这就是说，培根，龙所产生的疾病可以归纳为寒性象水一样；血，赤巴所产生的疾病可以归纳为热性象火一样，一小部分疾病是在寒热之间。上述所讲的是最简单地介绍了藏医对生理和病理的基本认识及藏医理论根据。
