几千年以来，中医中药被誉为中国的国技，一直是中国人健康和生命的寄托。但是辉煌了几千年的中医药学半个世纪以来在基础理论研究取得了长足进步，但缺少突破性进展。在现代人的眼中，中医药学似乎已经快要被“淘汰”了。
可是，真正有着战略眼光的人绝不会忽视中医药的研究，“基于当代生命科学发展的战略需求”，“中医药学发展的迫切需要”，“强化自主创新”三个目标的提出，国家自然科学基金委员会把中医药学基础科研究当作了自己义不容辞的责任，于是，在2002年，经过多次的论证和探讨，《中医药学几个关键科学问题的现代研究》正式列入了国家自然科学基金委的重大研究计划资助名录。
确立三大研究方向
中医药学是中华民族几千年来防治疾病实践经验和理论总结的结晶，具有系统理论与丰富实践经验和显著临床疗效。它所蕴含的“天人合一”、“辨证论治”、“形神一体”的理论精髓与宏富的临床经验具有原创性思维，在当今医学模式转变过程中，显示出更加明显的优势和特色。
当代生命科学的发展需要中医药学发挥更大作用。国家自然科学基金委所确立的重大研究计划，目的是要在继承和发掘的基础上，充分借鉴吸收现代科学技术理论和方法，揭示其科学内涵，加速其自身发展，发扬其特色优势。
为此，面对浩瀚博大的中医药学，该重大研究计划选择了三个关键科学问题，确立了如下研究方向：
证候研究：中医证候的量化指标及诊断标准；几个重要中医证候的基因组或蛋白质组学；证候与疾病的关系；中医证候研究模型的建立。
方剂研究：中医方证相关性及方证治疗机理；确有疗效的中医方剂或单味中药的物质基础及作用机理；方证相关性与方剂配伍；方剂药代动力学研究。
针灸原理：经脉和/或穴位的化学、物理及生物学特性；针灸效应的生物信息整合、转导与途径；针灸疗效的信息传导规律和机制。
取得明显成果
“综合运用当代生物学、数学、化学、物理学和信息科学等最新进展提供的新理论、新技术及新方法，抓住证候、方剂、针灸原理三个关键问题，以揭示其科学内涵为着眼点，争取在理论上有所创新，带动中医药基础理论取得突破，为中医药现代化奠定科学基础”。这是在重大研究计划确立之初就制定的科学目标。计划实施四年以来，这些目标得到了部分的实现。
中医证候研究：证候的特征，病症的相关性理论是中医基础理论建立的基础，是中医学认识疾病和辨证论治的主要依据。内容涉及高脂血症及动脉粥样硬化痰瘀证候、类关节炎">风湿性关节炎寒热证候、血瘀症、虚寒证候、肾虚证等多种证候，研究切入点主要集中在证候的蛋白质组学、基因组信息学、量化标准、模型构建研究等方面。
方剂研究：方剂是中医临床治疗的主要手段，对于方剂作用过程、机制及方证相关性的研究是重点支持方向。该领域资助项目重点研究了对临床确有疗效的中药方剂多成分、多靶点的整合作用，方剂的活性成分群是经整合实现其有利于机体的终末效应，集中分析方剂性味与其功能之间的关系、方剂的作用方式及配伍规律，内容涉及多种方药和方－证相关性研究；等等。
针灸原理研究：研究针灸效应的生物学基础及经穴的效应规律，探讨针灸效应的信息传导机制、规律及其途径，是揭示针灸疗效原理、阐述经络学说的重要科学问题。研究内容涉及用脑功能成像技术对针刺镇痛信号传导通路的研究；经穴信号传导的生物学基础及调控机制研究；艾灸对调控RA滑膜细胞功能研究；针刺对促进胃黏膜损伤修复中信息传导规律及机制研究；体表－脏腑相关的神经内分泌研究；等等。
工作还在继续
回顾四年来的研究成果，一位研究者坦承：“虽然很多研究者在不同的分支领域取得了很不错的成果，但是相对于浩大的中医药学来讲，还有很多的研究要做。”
中医药学重大研究计划所涉及的领域，体现了现阶段的中医药学的研究方向和研究重点，所凝练的关键科学问题确实是目前制约中医药学术和技术发展的瓶颈问题。
中医药学是“东学西渐”的范例，它是我国具有自主知识产权的学科，因此，也是我国最有能力引领国际科学前沿的重要领域之一。尽管我们在基础研究方面已经取得了一些研究成果，但始终未能取得实质性的突破。研究者认为，应该始终把创新性研究作为研究工作的主线和灵魂，在继承的基础上，借鉴其他学科的方法与理论为中医药研究服务，争取在中医药这一领域所取得的研究成果为国际学术界所公认，使我国在这一领域处于国际领先地位。
