“有人提出‘取消中医药’，虽然论证并不令人信服，但足以令人反思。”窦瑞华开宗明义地表示，中医药事业正走向衰落———中医药学校的课程被西医替代；毕业生对中医药缺乏信心；中医院收入不敷支出，医务人员人心不稳；中医药科研项目得不到应有支持，成果寥寥……
窦瑞华认为，中医和西医其实各有所长，但当前有关部门用管理西医的方式来管理中医，最终导致中医逐渐沦为二流的西医。他拿出一份资料说，据调查，1949年我国人口不足5亿人，中医人数为50万人；2005年人口近13亿人，中医执业医师却减少到49万人，其中六成是50岁以上的老医师。这说明我国中医药正陷入传承危机。
调查还指出，我国现在几乎没有一家真正意义上的中医院。现在的中医院查病主要靠西医仪器，断病主要靠化验单数据，处方主要按西医思维与理论，抓药则是中药西药并用，验效也主要靠西医仪器。多数中医已不会用“望、闻、问、切”辨症施治。
“为什么中医院要向西医靠拢？因为单靠收费养不活医院。”窦瑞华说，国家中医药管理局曾对66家中医院的54个中医服务收费项目进行了成本与价值的比较，结果显示54个项目中有40项，即近3/4的项目亏本经营。
不光中医院改头换面，学中医的学生也成了“两不像”———许多中医院校学生约1/3的时间学习西医，英语、计算机等公共课程占了1/4，中医理论基本训练却严重不足。一位中医学院教授带了21个研究生，外文和计算机水平都很高，但却读不懂《本草纲目》的《序》。“这样的教育，怎么能出良医？”
窦瑞华忧心忡忡地表示，现行的评价体系同样不利于中医的发展，按照《执业医师法》规定，必须有4年以上医学院校学历者，才能参加执业医师资格考试。考试内容近2/5是西医知识。而民间大量的中医无此学历，不懂西医，不懂外语，虽然医术高明，也拿不到行医资格，行医即属非法。
窦瑞华在提交两会的《关于扶持中医药事业的建议》中呼吁，首先应从中医药工作者中选拔优秀人才担任领导人，让内行来管理内行。其次，有必要立刻针对中医药学校的教材教法、课程安排、中医院的生存现状以及学习中医者的想法进行一次全面深入的调查研究，要结合中医的实际，尽快出台规范其发展的全国性法规，给中医药从业者更宽松的环境。
他特别建议，国家对中医院采取全额拨款的办法，进一步凸显中医成本较低的特点，使之与惠民政策结合起来，方便老百姓看病治疗。同时国家和地方应提供经费支持中医的科研工作，“中医是中国人的原创产品，无论是理论和临床都有很多课题值得支持，尤其是中西医结合，是一条很有前景的路，关键要搞好科技引领。”
