近代中国主张废除中医的始作俑者，当推清末国学大师俞樾。1879年，俞樾发表《废医论》，之后又发表《医药说》，提出“医可废，药不可尽废”的观点，这也是近代“废医存药”思想的滥觞。
俞樾思想的影响逐渐扩大。1900年前后，思想界已出现否定五行说的思潮。到民国时期，废止中医作为当时“中西文化之争”社会思潮的一部分，在思想界乃至政界都引起激烈的争论。作为中国传统文化的一部分，中医药学被当作旧传统、旧文化一并否定。当时最有影响的思想家如陈独秀、胡适、鲁迅、梁启超等都有这方面的言论。
在中国百年历史中，关于中医的存废问题，有过几次大规模的争论。
教育系统漏列中医案
1912年北洋政府统治时期，当时的政府以中西医“致难兼采”为由，在教育部第一届临时教育会议上，通过并于随后颁布了《中华民国教育新法令》。该《法令》前后颁布两次（1912年11月和1913年1月），都没有把“中医药”列为教育学科，而是只提倡专门的西医学校。这就是近代史上著名的“教育系统漏列中医案”。
《法令》的颁布在当时引起轩然大波，中医界纷纷表示抗议。扬州中西医学研究会创始人袁桂生首先发出抗议：“教育部定章，于中医学校之课程，删中医科目，是可忍，孰不可忍。”当时京师医学会的代表们曾冲进教育部，要求教育部解释并为“北京医学会”立案，被时任北洋政府教育总长的汪大燮明确拒绝。
1913年颁布的第二个《法令》依然把中医排斥在教育体系之外。同年10月，上海神州医药总会会长余伯陶等联合全国19个省市中医界和同仁堂、西鹤年堂等药业人士，组织了“医药救亡请愿团”，推举代表赴京请愿，要求教育部设立中医药专门学校。
对此，北洋政府认为中西医“致难兼采”，只能“先其所急”，而“专取西法”是“合于世界进化之大势”，依然拒绝将中医列入教育计划。但为了抚慰中医界的情绪，又称“非有废弃中医之意也”。
1929年中医存废之争
1925年，中国教育界决定将中医纳入学校体制中。此事报请教育部批准时，以余云岫为代表的西医界上书教育部，坚决抵制。教育部以此为借口，断然拒绝了中医进入大学学系的要求。因此，中西医的矛盾冲突进一步加深，从而引发了20世纪最大的一次中医存废之争。
1929年2月23日至26日，南京政府卫生部召开第一届中央卫生委员会议。会上讨论了四项关于“废止中医”的提案，最后通过了废止中医案——《规定旧医登记案原则》。议案一旦实施，中医的废止便只是时间问题了。因此，在议案及余云岫的《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》公布后，立即遭到中医界的强烈反抗，也引起社会各界的强烈反响。
3月17日，全国281名代表在上海召开全国医药团体代表大会，成立了“全国医药团体联合会”，组成请愿团，要求政府立即取消议案。社会舆论也支持中医界，提出“取缔中医就是致病民于死命”等口号。
主张废止中医的余云岫、汪企张等，纷纷在各大报刊上发表废止中医的言论，回应中医界的批评。双方的争论已经由学理讨论泛化为政治意识形态争论。
面对全国中医界发起的强大舆论压力，当时的卫生部长薛笃弼处于风口浪尖上，急于化解与中医界的冲突，所以一再公开表示并无废止中医之意。在面对中医请愿代表时，当面表态：“本部长对于行政方针，以中国各情为左右，对于中西医并无歧视。”并且承诺“我当一天部长，决不容许这个提案获得实行”。
不久，国民政府文官处批示：撤销一切禁锢中医法令。但是，仍然禁止中医参用西法西药，禁止中医学校立案，禁止中医开设医院。各地中医学校改成中医传习所，次年又改称中医学社。此举又引起中医界的抗争。废存双方的争论一直持续。1934年傅斯年的《所谓“国医”》和《再论所谓“国医”》的发表，又在舆论上掀起了一场激烈的中西医之争，直到抗日战争爆发后才趋于平和。
中医科学化之争
建国初期，全国卫生工作会议又一次拉开中西医论争的帷幕。1950年，余云岫在全国卫生工作会议中，提出了名为“改造旧医实施步骤”的草案。草案将“废止”变成“改造”，提出将中医改造成西医。
50年代初，中央卫生部副部长王斌提出，中医是封建医，应随封建社会的消灭而消灭。规定不许中医进医院；要进医院，必须学习西医知识包括解剖学等等。同时设立了中医进修学校，让中医去学习西医，学习解剖学。因为政府和毛泽东大力扶持中医，最终卫生部两位副部长王斌和贺诚被撤职。但同时，“中西医结合”的说法开始兴起，并引起废存双方新的争论。
“文革”后，中医在政策层面上获得支持。1982年，新修改的宪法中提出“国家发展医疗卫生事业，发展现代医药和我国传统医药”，给予中医和西医同等的地位。同时，医学界提出一个口号：中医药现代化。
“中西医结合”和“中医药现代化”成了新时期中医存废争论双方的焦点。支持中医的认为，“中医学的存在价值根本用不着西医来证明”，而反对者则认为中医不能用现代科学的方法来检验，是“伪科学”。在民间，双方的争论一直存在。
今年，中南大学的张功耀教授发表《告别中医中药》，以及在网络上发动“取消中医”的签名，卫生部发言人表示明确反对，新一轮的中医存废争论又掀起波澜。
