蒙族医药是以蒙古族人民长期同疾病作斗争中所积累的传统医疗实践经验为基础，吸收藏医及印度医学的部分基本理论和汉族医学的知识，在朴素的唯物论和自发的辩证法思想影响和指导下，逐步形成的独特的民族医学。它把人体看作是一个对立统一的有机整体，从宏观的角度来研究人体动态的各种内在联系，从而阐明生命运动的基本规律。其理论体系的基本特点，就是整体观念论、辨证诊断理论和重病因辨证施治理论。
蒙医有一整套基本学说，，共同构成蒙医学的理论体系：
阴阳学说
蒙医认为，人体的一切都离不开阴阳，任何事物都具有对立又统一的阴阳两个方面，无论是胚胎，新的生命的形成，机体构造与生理功能、病理变化，都可以用阴阳变化的相互关系来说明问题。如脏为阳、腑为阴，血脉为阳，白脉为阴，三素为阳、七元为阴等。阴阳在人体保持相对平衡才能维持正常的生理状态。如果一旦阴阳失调，势必破坏平衡，产生偏盛或不及，就要发生疾病。有病理现象产生后，无论症状上表现如何复杂归纳起来不外乎寒热两症，阳盛则表现为热症，阴盛则为寒症。因此，阴阳平衡是保证健康的必要条件，失调是导致疾病的根本原因。
五元学说
五元学说（即土、水、火、气、空）很早被应用于古代印度医学。据文献记载。于14世纪初经西藏传播到蒙古地区。在蒙医学理论中，对构成人体的“三根”、“七要素”和生理、病理、诊断、治疗原则、四施（药物、外治、饮食、起居）等的解释，都以五元学说为理论指导。因此，五元学说是蒙医学理论体系的纲要。它把事物按照不同的性质、作用与形态，分别归属于土、水、火、气、空五元。例如：土元的性质为硬、强、重，以气味为主，具备味、色、感、声等性能，为一切物质的本基，对物质有重、稳的功能；水元性质为湿、润，以味为主，具备色、感、声等性能，对物质有滋养、湿润的功能；火元性质为热，以色为主，具备感、声等性能，对物质有成熟、溶解、烧灼的功能；气元性质为轻、动，以感为主，具有感、声两种性能，对物质有轻、动、发的功能；空元性质是空、虚，只有声一种性能，为物质的存在、增长、运动的空间，具有间隔的功能。
蒙医学认为人体是一个统一的有机整体，其各个部分之间都有密切联系，这种相互联系和构成，均和五元密切相关。五元（土、水、火、气、空）与三根（赫依、协日、巴达干）、五脏六腑的关系：三根中巴达干属土水、五脏脾、六腑胃属五元中的土，五脏肾、六腑膀胱属五元的水；三根协日属火，五脏肝、六腑胆属于五元中的火；三根赫依属气，五脏肺，六腑大肠属于气；普行属于空，五脏心、六腑小肠属于空。
三素学说
维持人体生理功能的三种能量和基本物质“赫依、协日、巴达干”，简称为三素。三素在人体内是以对立统一的规律存在的，是人体矛盾的主要方面。
赫依——在人体正常生理活动中，具有维持生命活动推进血液运行、呼吸、分解食物、新陈代谢、增强体力、支配肢体和意识活动、接种传代等作用。并且也是保持协日、巴达干两根相对平衡的调节者，也是人体维持健康和延年益寿的引导者。如果赫依本身失去平衡状态时，就会导致病变。赫依具有以轻、糙为主的凉、细、硬、动等六种特性。
协日——为人体正常生理活动的热能，具有产生热量和调节体温、促进消化吸收、促进营养七精华也称七要素之成熟等功能。它以巴达干为自己存在的前提，与其保持相对平衡状态。如果协日本身失去平衡状态时，就导致病变。协日具有以热、锐为主的轻、臭、泻、湿、腻等七种特性。
巴达干——在人体正常生理过程中，巴达干起滋生、调节体温、滋养正精，增强意识、延年益寿、坚固骨节的作用。并以协日为自己存在的前提，与其保持相对平衡状态。如果巴达干本身失去平衡状态，就会导致病变。巴达干具有的重、寒为主的腻、钝、柔、固、粘等七种特性。
三素是人体生存的主导因素，也是产生疾病的内在因素。人体的生理功能和病理机制都是以三者的平衡与变化为理论依据的。协日、巴达干两者为相互对立的两面，互相制约、相对平衡，赫依作为调节的因素，三者相互信赖、相互促进，相辅相成地完成着生命活动的生理功能。
七元三秽学说
构成人体和维持生命活动的七种基本物质——食物精华、血液、肉、脂肪、骨骼，骨髓、精液和使其不断生化的精华统称为七元，三种主要排泄物——粪、尿、汗称为三秽。七元为三素赖依生存的物质基础，以保身体发育成长。七元三秽的吸收、排泄运动过程是不可分割的一个整体，是人体进行新陈代谢的过程，共同维持人体正常生理功能。
脉道、脏腑
脉道主要有黑脉和白脉两种。黑脉为全身血液运行之道，又称血脉，黑脉归阳，五行中属空。心脏及黑脉之跳动运行，均受普行、赫依之支配。白脉归阴、属水元，故又称水脉。
五脏：心脏为五脏之首，位于胸中巴达干之区，是病变赫依的循行之道，五元中的空元之精华依存于心脏，浊聚于小肠，所以两者在生理功能上有前者管辖后者的隶属关系。心开窍于舌；肺脏是病变巴达干的循径，气元之精华依存于肺，浊聚于大肠，肺开窍于鼻；肝位于协日区，也是病变协日的循径，火元之精华依存于肝，浊聚于胆。肝开窍于眼；脾位于协日区，是病变巴达干的循径，土元之精华依存于脾、浊聚于胃，脾开窍于唇；肾位于赫依区，是病变巴达干的循径，热疾易隐伏于肾脏，水元之精华依存于肾、浊聚于膀胱，肾开窍于耳。
六腑：胃处于协日区，是巴达干的宿位，也是病变巴达干的循径，消化三火温位于胃。胃属消化道的未消化段，热疾易隐伏于胃；小肠处于协日区，也是病变协日之循径，为消化吸收段；大肠处赫依区，病变赫依之循径，为已消化段；胆处协日区，病变协日之循径，是消化协日和火温的物质基础；膀胱处赫依区，是病变巴达干之循径；三舍处赫依区，是生殖系统的统称，此为维持三素平稳的场所，故属聚合型器官。
从基础理论到临床，从预防到治疗，蒙医学都以以上理论为指导，根据这一整套理论研究人体形成、生长发育、衰老、死亡等生命活动的规律，并在此基础上，防病治病和使人延年益寿。
