由于废止中医案是南京国民政府卫生部主持召开的中央卫生会议讨论通过的，故中医界奋起抗争后，除了将矛头直接对准西医界并发生激烈论争外，自然也将抗议矛头指向了卫生部。面对全国中医界发起的强大舆论压力，卫生当局采取了息人宁事之法，以便平息纷争。
3月20日，中医请愿团从上海赴南京。21日到达南京后，请愿团向国民党三全大会、中央党部、行政院等处请愿。当时，国民政府内部对中医存废问题意见并不统一。以汪精卫、褚民谊为代表之部分政要主张废止中医，而以谭延闿、于右任、林森、陈果夫、焦易堂等国民党政要，则主张保存中医，并对褚民谊之举非常反感。而卫生部长薛笃弼，则作为冯玉祥的心腹，本身对中医存废并无定见。故中医请愿代表采取了相应策略：争取得到主张保存中医之国民党元老的支持，将工作重心放在国民政府五院院长和中央党部方面，而对卫生部则暂不理会。这一招果然奏效。谭延闓、张静江、李石曾、于右任、林森、戴季陶、陈果夫等国民党要员，均对中医有好感，对属于汪精卫一派的褚民谊倡议废止中医举动颇为反感。
中医界掀起的全国性抗争活动，引起了全社会的关注，也影响着社会安定与政府威信。刚刚统一全国之南京国民政府，不愿意因为一些无关紧要的事件而引起社会较大之动荡。故当中医界掀起大规模抗争后，国民党多数政要对西医界利用中央卫生会议废止中医案之举异常不满。处于风头浪尖上的薛笃弼，自知在国民政府中地位的尴尬，急于化解与中医界的冲突，将这场风波尽快平息。故他一再公开表示并无废止中医之意。他向请愿代表当面表态：“我当一天部长，决不容许这个提案获得实行。”不久，请愿团收到国民政府文官处批示：撤消一切禁锢中医法令。
这次中医请愿活动之成功，除了中医界团结力争外并造成浩大声势外，显然与国民政府政治派系间的矛盾有一定关联。以谭延闓、于右任、林森、陈果夫等人为代表的国民政府元老派，不仅对汪精卫、褚民谊一派反感，而且对冯玉祥、薛笃弼等地方实力派同样反感。中医界利用其矛盾，依靠政府之元老派力量而攻击主张废止中医之汪派、冯派，从而使冯派控制之卫生部屈服。故中西医间的矛盾与论争，不仅从学理层面扩展到文化层面，进而扩展到社会层面，甚至还扩展到政治层面。不仅中西医争论逐渐意识形态化，而且中西医争论开始卷入了政府各政治派系间的矛盾及政治漩涡中。如果说这次中医存废之争开了医药界“依傍”政治势力互相攻讦之先河的话，那么此后中西医之间的争斗，都具有较为浓厚的政治化色彩，暗含着政治派别互相争斗的内涵。如此一来，中西医间之论争，更难为冷静客观之纯粹学理讨论。
中医界之抗争及请愿活动，迫使中央卫生会议通过之“废止中医案”取消，中医药重新获得了生存机会和空间。从表面上看，这似乎是中医界取得了重大胜利。但实际上，中医之生存危机并没有消除。不仅西医界及政府轻视、歧视、排斥、打击中医的政策并未根本改变，政府及西医界对中医的打压之势亦未根本减弱，而且中医界谋求10多年的将中医学校纳入学校课程体系的努力并未能实现。当中医请愿代表返回上海仅仅一个月，国民政府教育部便发出布告，通令中医学校一律改称传习所。不久，为西医把持之卫生部亦通令将中医医院改为医室，并禁止中医参用西法西药。故又引发了1929年12月的第二次抗争风潮。中医代表再次赴京请愿。随后，中医药界集会、抗议、请愿、游行、罢市、绝食，为中医药之生存延续而斗争风潮，不绝于耳。
余岩为代表的西医废止旧医之最重要理由，乃为中医不合近代科学。在科学主义高扬的时代洪流中，只要中医理论在科学上没有根据，中医理论不能以科学来解释，也就无法得到科学的承认。得不到科学承认的中医，其存在的合理性、合法性便会受到怀疑，中医的生存危机便难以得到根本消除。故此，在围绕中医存废之论争中，中医不合科学之特性已被充分揭示出来，政府及西医界以中医需要改良、中医需要科学化为由，向中医界施加强大压力，迫使中医向科学化迈进。即使是那些不赞同废止中医者，也多主张中医应该改良、整顿、革新，应该科学化。经历了此次生死抗争的中医界不少有识之士，也意识到中医革新、中医科学化的迫切性。
这样，在这次生存抗争中幸存下来的中医界，为了谋求自身之生存，不得不开始对中医理论进行革新和改良，不得不接受中医科学化主张，自觉地进行中医科学化尝试。同时，西医界在这次论争中尽管未能达到废止旧医之目的，但却迫使中医自身进行改良，并开始走上科学化道路，未尝不是一种真正意义上的胜利。
中医科学化的实质，就是用近代西方科学方法及科学原则整理中医理论，将中医纳入到近代科学体系中。因中西医学分属两个性质不同之知识体系，用西医方法和近代医学标准促使中医科学化，未必是中医的真正出路。故后人对中医科学化之得失褒贬不一。但在科学主义盛行之年代，中医为了寻求生存与发展，还有另外更好的道路可以选择吗？
