中国工程院院士、著名中药研究专家姚新生日前在广西南宁市召开的国际药物化学、新药开发学术研讨会上指出，我国中药化学研究还存在四个主要问题：
一是中药化学活性成分研究很少
传统的涉及中药或天然药物的杂志愿意收载发表新化合物的文章，而不愿意登载涉及活性的文章，造成一种错误的导向。结果，一些研究者只是单纯进行化学研究，满足于发现一些新化合物发表文章，对活性则极不重视，很少有人进行活性成分研究。为了能够发现新的化合物或新的结构，一些人对研究临床正在使用的中药或民间药兴趣不大，宁可去研究寻找那些新的植物资源，而不管它是否有活性或者是否有临床经验。
二是活性成分研究的思路和方法不当
所谓“活性成分研究”，多半只是将分离得到的化合物在测定结构之后，再送至有关活性筛选部门进行活性筛选。碰着算，碰不着拉倒，收效甚微，很少有人采用活性指导下的导向分离（Ｂｉｏａｃｔｉｖｉｔｙ－ｇｕｉｄｅｄｉｓｏｌａｔｉｏｎ）方法，因此那些含量甚微又难于分离的活性成分在分离途中可能丢失，且丢失了也难于察觉。化学家与生物学家工作脱节，后者尽管不断宣布在身体机能、细胞或基因调控方面有新的发现，但不能有效地付之实际应用，未能在此基础上起建立新的灵敏、简便、可靠的活性筛选体系，故化学家即使想进行活性成分研究，也常常无法进行。
三是很少尊重中医药传统经验
中药多以汤剂形式应用，但是水溶性成分过去很少成为化学研究者的工作对象。中药多为组方用药，中药的疗效主要是方剂的药效，但中药方剂有效成分（或活性成分）的研究，化学家很少涉足，甚至不想涉足，生体内环境（如ｐＨ值、肠内菌丛、酶等）对中药及其复方制剂成分的影响也常被忽视。故采用常规方法得到的成分很可能只是一般化学成分，或可能只是活性成分的前体药物。
四是急功近利，急于求成
研究取得一些成果，就希望去开发，投入实际应用，缺乏进一步改进、升华、拓宽、提高；很少进行活性成分的结构修饰或者生物转化工作，更少进行结构－活性对比研究，以求找到更多更好的新药候选化合物，并在该基础上进行研究开发；研究成果很少和中药的规范化、标准化结合，不利于推进中药现代化和国际化进展。
姚新生院士还表示说目前在中药活性成分研究方面还存在三个难点。
一是难于建立适当的活性评价模型。在研究中药活性成分的过程中，最困难的是对中医关于中药功能、主治叙述中采用的深奥难懂的哲学用语理解不一，不能采用适当的动物模型正确表达中药及复方制剂的临床效果，故所得“活性成分”或“有效成分”不被中医所认可，或者未能真正体现中医用药的精髓。
二是中药制剂作用的多样性。几百种常用、较常用中药经过不同的辩证组合，构成了几千种不同的中成药制剂，分别用于治疗不同的疾病，提示中药作用具有适应多样性的特点；中医有所谓“同病异治”及“异病同治”的说法，即使同一种中药方剂也可能用于不同疾病的治疗，这进一步证明了中药方剂作用的适应多样性。
中药作用的多样性给活性成分研究带来了机遇的同时，也带来了困难。中医特别强调中药及方剂对人体的治疗作用主要是通过对身体功能的多向平衡调节作用来实现，即作用于多个靶点。因此在追踪分离活性成分过程中，像西方那样，只用单一活性筛选体系追踪分离得到的活性物质很难合理说明中药的真正作用物质基础。方剂研究更是如此。
中药特别是复方研究，提倡采用多指标活性筛选体系进行活性成分的追踪分离，但说起来容易，实践起来却十分困难。功能基因芯片的出现及应用有可能为此提供一种简易、可行的初筛方法。
三是中医与西医哲学思想的差异，按照中医“重在治本或者标本兼治，作用于多靶点，通过多向调节达到调整机体平衡的目的”的哲学思想，研究中药活性成分时要特别注意那些虽然作用十分微弱，但却是人们经常服用、对身体功能起微调作用的成分。但是如果选用的活性筛选体系是体现西医哲学思想的模型，用作阳性对照的又是那些符合西医对症治疗观点、作用剧烈的西药时，则对中药活性成分的研究结果常常会令人感到失望；中药分为上、中、下三品，如果想在中药中寻找体现西洋医学哲学思想、作用剧烈的活性成分时，最好到中药下品去寻找。但是要想真正找到体现中医哲学思想的活性成分时，则应当寄希望于中药中的上品和中品。
