自从清末西方医学进入中国，中西医两个医学体系就共同存在于中国社会。人们普遍认识到中西医学是两个不同的医学体系。本文试图从研究对象和研究方法上粗略地谈谈中西医两者差别。
研究对象
许多人认为中西医的研究对象都是人，从广义上讲，中西医的研究对象的确是人。但在学术上层次看，这样的提法未免过于粗糙和笼统。如果我们把一个研究动物的学者和一个研究植物的学者都不分类，把他们共同说成研究生物的学者。这样的提法对于生物学界圈内的人来说就太不准确了，因为两者研究的是生物领域里的不同分支——即研究的对象有很大不同。如果混为一谈，便忽略了各自的特征。
中西医作为两个不同的医学体系，拥有各自不同的研究对象。虽然广义上研究的都是人体，但事实上，中西医都没有能够研究完全意义上的人（包括自然属性、社会属性、思维属性等各个方面）。虽然中医在整体思维和方法论上有其优越性，但在分析还原层次上又有明显不足。西医则相反，重视分析还原而易忽略整体。因此，必须把中西医学的研究对象更加具体化，方能使人更好地了解中医学和西医学。
辨证论治是中医的最基本的观念之一。辨证是论治的前提，而“证”或“证候”作为人体在整体层次上的机体反应状态是中医治疗疾病过程中最需要把握的对象。证候是病人表现出来和医生从病人身上得到的关于病人的生理病理状态及其变化。中医研究的证候中，一方面含有病人当时的病理状态，另一方面则更强调证候发展过程中的动态变化。以哲学的观点，它强调的是“物质的运动状态”。
西医真正的研究对象是致病因子或病理产物，西医只有找到致病因子或病理产物，才能诊断是什么病，才能对症下药。如果确定不了病理因子或病理产物，西医往往就变得束手无策。从2003年非典初期，西医因为没有分离出SARS冠状病毒而盲目用药，导致病人出现许多后遗症，便可见一斑。一旦西医确定了致病因子或病理产物，它的治疗目标就始终盯住了致病因子或病理产物，较少再去考虑到人体本身。从本质上看，西医的治疗目标就是把致病因子或病理产物消灭或切除，一旦致病因子或病理产物去除了，就认为病治好了。这就不难理解为何这么多的西医疗法和西药都有副作用，因为它研究时第一考虑的不是人本身，而是要消灭致病因子或去除病理产物，甚至对人体有所损害也在所不惜；其次才会考虑尽量减少这种损害，却不象中医在治疗时始终要同时兼顾人体的邪正关系。所以西医的研究对象是致病因子或病理产物。从哲学观点看，它研究的是“静止的物质”。
正是因为中、西医两者的研究对象一个是运动的，一个是静止的，所以西医往往可以用同一种药物来治疗同种疾病的不同人，而不象中医那样常常需要根据证候的变化而更改方药，因为西医在人体身上的研究对象是始终如一的。一旦研究对象——致病因子或病理产物变了，那么西医就只能诊断为另一种疾病，然后再对症治疗。
研究方法
中西医学的研究方法也有天壤之别。研究中西医学各自的发展历史，2500年前两者还都处于同一个经验阶段，为何在今天，两者可以发展成为各自独立的医学体系？这其实有着深刻的社会历史背景。
在古代，东西方认识世界的方法其实就已经存在了巨大的差异。哲学是关于世界观的学说。中国早期哲学思想的代表是周易、道家等，他们都认为气是世界的本原，气运动化生阴阳，阴阳交感而化生万物。如《鹖冠子·泰录》：“天地成于元气，万物成于天地”；《论衡》：“元气未分，浑沌为一”，“万物之生，皆禀元气”；《白虎通义·天地》：“天地者，元气之所生，万物之祖也”等等。在古时中国人的思维中，世间万物都是由气所化，万物之间存在着生克制化等的相互联系，这就是系统思维可以在古代中国发展的根源。
西医也是起源于古代的经验医学，历经了古希腊医学发展，到中世纪没落，再到文艺复兴后飞速发展。但它的基本观念依然没有变，一直都是以古希腊时期的德谟克利特和亚里士多德为代表的原子或元素论思想为主导，其基本观念就是万物都由最基本的“原子”或“元素”构成。在研究认识万物时，首先都要把“物”解剖成各个部分，再从各个部分分析解剖，直到分离出“物”的最小单位“原子”或“元素”。他们认为将这个思维认识过程逆转便得到“物”的本质，这在认识思维上就成了“分析—还原”的还原论思想。然而这种类似机械式拆装的思维，或多或少地忽略了部分与部分之间的动态联系。
中医时刻注意到了各部分之间的联系，因为中医主要运用的是阴阳五行方法论。阴阳五行作为一种哲学方法并非中医所独有，它作为古代中国人独创的处理事情的哲学思维方法，是古人发明的考虑问题的思维模式。阴阳模式就如同我们幼时常常把人分成好人与坏人两类，但仅仅把人分成好、坏两类明显是不行的，所以古人又天才般将好再分好、坏，然后再分……，一直分到能比较客观公正的去评价那人为止。这是从纵向看问题。从横向来看，考虑事情仅考虑阴阳或好坏两方面显然是不够的，所以古人又引入了五行，用五行代表一件事情的五个方面从而来简化一件事情之间复杂关系。当然五行思维又并不完全局限与“五”，可以是“四行”，也可以是“六行”，或“七行”等等，它其实是为将事务简化而建立的模型，其关键是如何选择合适的模型来处理不同的情况。中医里有很多这样的例子，如“二行”可以理解为阴阳，气血津液可以简化为“四行”等等。中医学普遍采用五行大概是因为“五”是个比较复杂而不过于复杂的理想模型吧。中医能够从经验中最终脱离出来成为科学理论就是借助了古人阴阳五行的哲学方法作为自己的研究方法。只不过由于历史原因，现在只有中医仍然还保留着这种哲学思维方式，并将其运用于实践。
西医的研究对象是致病因子或病理产物，所以它选择了分析还原方法作为研究方法。还原方法是把自身的研究对象不断地“解剖分析”。然后把“解剖分析”的结果整和在一起，便能得到关于研究对象的所有知识。这种还原方法也是近代以物理学、化学为主导的西方科学的主要研究方法。20世纪初以来，人们逐渐认识到这种方法存在着严重的缺陷，因为人们在研究事物时发现：一个研究对象的整体往往是大于被解剖分析的各部分之和的。这使得以还原方法为主的现代科学不得不反思自己，并逐渐引入了系统思维方法。
研究对象和研究方法往往共同决定了学科的分类，正是因为中医、西医有各自独特的研究对象和研究方法，才使得两者成为不同的医学理论体系。尽管随着两者研究方法的相互借鉴，交叉领域逐渐增加，两者的研究对象都有试图扩大到“整体的人”的趋势。但在目前的阶段，把中、西医学完全融合成一门新医学的条件还远远没有成熟，各种宣称“中西医结合学已经成功”的言论都是值得商榷的。
