目前，我国现行农产品质量安全认证体系存在诸多问题，如有机食品认证、绿色食品认证、无公害食品认证等认证标准不统一，且分属不同部门领导。有机食品的认证机构，是国家环境保护总局有机食品发展中心；绿色食品的认证机构是农业部下属中国绿色食品发展中 心，该中心负责全国绿色食品的统一认证和最终审批；无公害食品的认证机构较多，目前许多省、市、区的农业主管部门都进行了无公害食品的认证工作。
由于各部门分头管理农产品质量认证，一方面使食品安全存在隐患，另一方面，也制约了我国农产品的出口。据业内人士透露，许多遭遇国外绿色壁垒的农产品，其实已经取得了国内“绿色食品”认证，但是国外还是以没有达到安全环保标准，把中国农产品挡在国门之外。
专家指出，在我国实施了十几年的绿色食品质量认证标准体系，是结合我国国情发展起来的质量认证体系，国际上并没有对应的标准体系，绿色食品遭遇绿色壁垒是我国农产品出口的尴尬。多家认证体系竟然没有和国际标准相衔接，这些都成为制约我国有机食品出口的瓶颈。
因此，我国在大力发展有机食品产业的过程中，要参照国际标准和法规，加快健全我国有机食品管理的办法和法规体系，对外与外国政府的有机食品相关法规对接互认，对内规范有机食品的生产和质量控制，才能促进有机农业和有机食品认证的健康发展。
一是要建立统一、规范的农产品认证认可体系。我国农产品认证要借鉴和引入工业产品认证认可的经验和有关做法，统一认可制度、统一认可机构、统一认可标准和认可程序，保证认可工作的公正、公开、公平，加快农产品认证工作。
二是要以与国际接轨为目标，结合我国国情，建立国家农产品认证标准。以现阶段我国农业已开展了的“无公害农产品”、“绿色食品”和“有机食品”等认证为基础，统一、完善相关的认证标准体系，逐步使我国农产品认证与国际通行的认证标准和认证形式接轨。
三是要利用WTO“绿箱”政策和借鉴国外做法，扶植具备条件的农产品生产、加工企业积极发展有机农业，对获得有机认证的生产、加工企业给予一定的政策优惠。
四是要开展农产品质量认证工作，不仅要求生产出的最终农产品要符合标准的要求，强调农产品的生产过程要规范。目前国际上农产品认证由最终产品的认证转向生产过程、农业生产投入品的认证和最终产品的认证。如一些国家要求输入其国内的畜禽肉产品、果蔬汁、水产品生产企业必须通过HACCP体系认证。这里HACCP体系的核心就是保护食品在整个生产过程中免受可能发生的生物、化学、物理因素的危害，其宗旨是将这些可能发生的食品安全危害消除在生产过程中，而不是靠事后检验来保护产品的可靠性。
业内专家认为，中国发展有机食品出口的关键是按照国际标准建立良好的认证体系。这种认证是有机食品在国际市场的通行证，是消费者、进口商、批发商、零售商共同认可的质量凭证。有机农业的认证严格，有效期短，如果远离我国产地，到欧美异地认证，认证成本无疑较高，这实际上限制了有机农业的生产和出口。在我国建立认证体系有利于降低认证成本，便于大规模地组织生产。没有认证，我国的生产加工优势无从谈起，有机产品的生产出口体系无从建立。因此，当务之急是要提高我国有机农业认证机构的国际地位，必须与国际规范化的认证形式接轨。要让中国自己的“证书”既符合美国、日本和欧盟等主要产品进口国家的要求，又符合其他国家的要求，最终让中国的“证书”在世界各地畅通无阻。
