在注射乙肝疫苗时，应注意以下问题：
第一，要严格按照接种程序进行注射。目前我国接种乙肝疫苗多采用0、1、6月接种方法（即第1次注射后1个月、6个月时再分别注射1次，一共注射3次）。注射第1针后，机体进入感应阶段，疫苗作为小剂量的特异性抗原进入人体后，刺激人体产生免疫反应细胞，这期间大约30%~50%的人会出现表面抗体。注射第2针后，进入效应阶段，表现为机体细胞免疫反应增强，这一阶段，大约80%~90%的人都会产生表面抗体。注射第3针后，进入加强阶段，机体细胞免疫和体液免疫处于最佳状态，大约90%~95%的人可以出现表面抗体。第3针注射完2~3周时，抗体滴度达到高峰，之后滴度逐渐下降，长期维持在较低水平。如果妊娠者为“大三阳”，乙肝病毒DNA也为阳性，需要在妊娠的第7、8、9月时，分别注射一支高效价乙肝免疫球蛋白。分娩后，立刻给孩子打1支高效价乙肝免疫球蛋白，半月后，再按0、1、6方案注射乙肝疫苗，这样可以最大限度地保护新生儿免受乙肝病毒感染。
产生保护性抗体后，成人持续保护时间在7~9年，儿童3~5年。所以，注射过乙肝疫苗的人员，仍需每年例行1次检查，如果发现表面抗体已消失或滴度降至保护限度以下，必须及时补种（仍按0、1、6方案进行）。
第二，要确保乙肝疫苗的质量。乙肝疫苗属于生物制品，需要在2℃~8℃环境中冷藏保存，如果长时间放于常温或高温环境中，疫苗将会变质，失去免疫能力。超过有效期的疫苗，免疫能力和效果也会大大降低。疫苗长期放置后会出现沉淀现象，使用前必须先摇匀后再用，如果不摇匀就用，效果会受影响。
第三，接种疫苗的部位要正确。目前成人接种乙肝疫苗采取上臂三角肌注射。因为三角肌处血管少，皮下脂肪层薄，且不易损伤神经，免疫反应效果好。如果在臀部肌肉或其他部位注射，效果可能不佳。新生儿和婴儿应该在大腿前外侧肌肉处注射疫苗。
