大蒜虽然益处多多，但亦有弊端。《本草经疏》中说：“脾胃之气最喜芳香，熏臭损神耗气，故久食则伤人。”大蒜对胃粘膜的刺激性很大，某些成分还会使肠壁变硬。所以，患有胃溃疡、十二指肠溃疡、慢性胃炎的人，尽量不吃或少吃大蒜。患有肾炎病者，也不得食用。如果腹泻的时候食之，还会引起肠壁充血加速腹泻。
由于大蒜热能助火，剌激性强，肝有内火者如果食用，肝火则更旺，中医认为属“阴虚火旺”或“肝火旺盛”的患者，都应该忌食。近来发现，一些长期吃大蒜的人，临近老年胃液分泌减少，或引起贫血，感到有耳鸣、头重脚轻、记忆力衰退、视力下降等现象。为此，吃大蒜也应该因人而异，切勿把它当成是医治百病的良药。
