大豆多功能肽良好的营养特性、保健特性及加工性能为其展示了广阔的市场空间，利用大豆多功能肽为原料，可应用于诸多领域并开发出许多市场前景很好的产品：
医疗食品
由于重症病人生理条件与健康人不同，具有高代谢性和对蛋白的需求增加，且黏膜细胞受损，一些关键代谢器官，如肝、胰及肾功能减弱，因此肽的易吸收性和高能性可替代传统含氮制品，如完整蛋白和游离氨基酸，主要给那些不适摄入常规食品的个人提供完全或增补的营养，或给那些有特殊生理和营养需求的病人提供特殊营养。据估算，在美国就有500万病人食用这类食物，其市场值超过了一亿美元，成为有效的医疗辅助制剂。
蛋白饮料
一般蛋白质不能溶于酸性饮料中，低聚肽都能在酸性（pH3．5～4．0）饮料中溶解，配制成各种风味的蛋白饮料，供运动员和老年人食用，亦可作为普通人的营养补充剂。
运动营养食品和减肥食品
因大豆多功能肽易于吸收，能迅速利用，抑制或缩短了体内“负氮平衡”的副作用。在运动前或运动中，大豆多功能肽的添加还可以减轻肌蛋白降解，维护体内正常蛋白质合成，及减轻或延缓由运动引发的其余生理方面的改变，达到抗疲劳的效果。同时可用于运动员体重控制，无论是动物蛋白肽还是植物蛋白肽，不仅能阻碍脂肪的吸收，而且能促进“脂质代谢”。因此，在能保证足够大豆多功能肽摄入的基础上，将其作能量组分降至最低，则可以达到减肥的目的，且能保证减肥者的体质。这对于从事对体重有特别要求的运动，如拳击、举重、摔跤等运动员的体重保持具有特别重要的意义。
老年及营养强化食品
由于老年人单位体重对氮和氨基酸的需求并未随年龄增加而降低，同时，由于老年人因各种原因导致体质下降，加上消化吸收功能的衰退造成了老年人营养的严重不足。大豆多功能肽不经消化就可以迅速有效地被吸收，成为老年人食品中理想的氮源强化剂。在国内目前已进口的国外强化产品中，美国安利公司的强化蛋白粉所标明的主要功能性成分为大豆多肽。
降血脂与胆固醇产品
大豆蛋白与动物蛋白不同，具有降低血脂和胆固醇的作用，即大豆蛋白导致了胆固醇排出的增多，且降低了胆固醇和脂肪的吸收，使体内胆固醇沉积降低。
发酵促进剂
大豆多功能肽对于微生物而言是极具价值的氮源，甚至优于游离氨基酸，尤其对于依赖外源性氨基酸的微生物，如乳酸链球菌、双歧杆菌等起着非常重要的生长促进作用。因此在双歧杆菌的培养基中，通常要加入适量的大豆蛋白水解物。该产品将会代替国内发酵工业中所用的价格高昂的蛋白胨类产品，从而降低国内发酵工业的培养基成本，提高整体行业的经济效益。目前中国食品发酵工业研究所已与国内有关发酵企业进行该方面的使用。
近年来，天然药物、自然疗法已开始被西方社会认识，美国FDA自1999年开始，允许大豆蛋白制品标注可以预防心血管疾病的功能，这就意味着健康与保健品将被人类社会重新认识。由于肽具有营养全面、易吸收、持水性好、低过敏原性等诸多优势，因此大豆多功能肽也可以广泛用于营养性化妆品与注射用营养源。
