亚甲蓝在临床上主要被用于亚硝酸盐及芳香胺类药物（乙酰苯胺、对乙酰氨基酚、非那西丁等）中毒引起的高铁血红蛋白血症的治疗。近年来，临床又发现了不少新用途。
治疗三叉神经痛
亚甲蓝治疗三叉神痛的具体方法：根据疼痛部位和神经定位常规消毒后，用7号针头寻找患支神经孔（有落空感），针尖进入孔内约0.3～0.5厘米后注入0.75%布吡卡因1毫升，然后保留针头观察10～15分钟，待患者触摸痛区疼痛消失、麻木时注射亚甲蓝10～20毫克。
用于某些手术后止痛
亚甲蓝作为长效止痛剂可用于肛门手术止痛。它与神经组织有较强的亲和力，局部注射后作用于神经末梢，损害末梢神经髓质，而新生的髓鞘大约需30天修复完毕，故可起到长效止痛的作用。其起效前约有4小时的过渡期，此时可有疼痛、异物感等，逐渐转为麻木、无痛，它是因末梢神经先是受刺激，继而神经髓质受损的原因，所以一般需加入利多卡因，后者作用快，对神经末梢通透性强，维持时间约2～3小时，也正好在亚甲蓝镇痛空白期，起到早期镇痛作用。两者配伍应用，可使肛周神经末梢传导受阻，肛门轻度松弛，括约肌无痉挛反应，有利于减轻患者痛苦，减少并发症，利于伤口愈合。
亚甲蓝应用于肛门手术止痛时应注意几点：亚甲蓝的配伍浓度应该用0.1%～0.2%的低浓度液；注射时以创面基底表浅浸润为宜，切忌注射过深，注射前一定要先回吸，防止药液直接注入血管内；注射量以创面呈淡蓝色为最佳，大约15～20毫升左右，切忌注射过量。
应用亚甲蓝和丁哌卡因混合液还可用于剖胸术后镇痛。具体治疗方法：术毕关胸前于侧卧位下，在切口上、下各一肋骨角处作肋间神经阻滞，分别注入上述药液6毫升。
治疗来苏儿中毒
来苏儿即50%甲酚的肥皂溶液，可导致高铁血红蛋白血症，致死量为50～100克。来苏儿中毒无特殊解救药物，但亚甲蓝可治疗高铁血红蛋白血症，对病人恢复有利。同时，亚甲蓝对休克的治疗亦有明显作用，它可灭活或降低NO（舒血管因子）活性，逆转低血压，抑制炎症介质诱导的cGMP增高导致的心血管舒缩功能障碍，从而改善心血管功能。
治疗血管瘤
亚甲蓝治疗血管瘤，瘤体消除快，无明显痛苦，无副作用，疗程短，瘢痕不明显，治愈率极高。具体治疗方法：瘤体部位消毒后用一自制的可伸缩的金属或塑料辅助环(消毒)套在瘤体上，环内侧距瘤体边界0.5厘米，适当加压。根据瘤体大小决定亚甲蓝用量，一般剂量为10～20毫克/次，为1%药液。注射器从瘤体中心刺入，向四周放射状均匀注药，至瘤体变蓝有张力感即可。退针后用消毒药棉压迫针孔，防止药液外渗，5分钟后撤去备用环和药棉。每周注射1次，4周为1疗程。不愈者间歇10天后再行下1疗程。
预防手术后肠粘连
具体应用方法：将已制成安培的1%的亚甲蓝无菌液体，在关腹前按0.3毫克/公斤体重，均匀涂于肠管表面。
肠局部生成的超氧化物、过氧化物和羟基是多饱和脂肪酸的潜在氧化剂，可损害细胞膜而诱发肠粘连的形成。亚甲蓝可抑制氧自由基的生成，具有拮抗一氧化氮松弛平滑肌的作用，且可穿透细胞和组织。亚甲蓝和抑肽酶两者联合用药作用更加显著。
治疗手深度烧伤中的应用
亚甲蓝染色早期削痂后用全厚皮移植，获得创面及时修复和功能重建双重疗效。应用方法：为了防止术中过多削除健康组织或残留坏死组织，术前24小时用亚甲蓝染色，使坏死组织着色，即坏死组织染成蓝色，而健康组织不着色，以便在术中正确判断削痂深度。
