到目前为止，氟喹诺酮类药物已发展到第四代，被称为新氟喹诺酮类药物。近年，新氟喹诺酮类药广泛应用于临床，但是，随着临床应用范围扩大，这类氟喹诺酮类药物不良反应相继出现。有的品种甚至因其可能的严重不良反应而停止使用或者限制使用，应引起人们对此类药物的警觉。
涉及多器官和组织
在临床应用中，研究人员发现，新氟喹诺酮类药物的药品不良反应可在人体的多个系统、器官和组织中表现出来。
皮肤
据统计，氟喹诺酮类药物导致的过敏反应最为常见，占报告数的25.85%，过敏反应中又以皮疹和荨麻疹居多，占过敏反应报告总数的19.42%。
光毒性是人们对氟喹诺酮类药物最为关注的不良反应之一。轻度光毒性主要表现为皮肤出现红斑、水肿、脱屑及色素过度沉着，严重的病人可出现疼痛性大疱。停药后，大部分患者在几周内症状消失，恢复正常。
新氟喹诺酮类药物引起的皮肤的不良反应呈剂量相关性，与病人年龄无关，主要是因其母核的8位氟原子取代而引起的，如氟罗沙星、洛美沙星、司帕沙星的结构中8位均由氟取代，所以通常有很高的光毒性。
消化系统
氟喹诺酮类药物导致的消化系统反应主要表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻、结肠炎、消化道出血等。据报道，6%~10%的病人应用加替沙星和莫西沙星会发生恶心，这一发生率与格雷沙星和曲伐沙星相似；吉米沙星与左氧氟沙星恶心的副反应轻微，但呕吐、腹泻的发生率在1%~5%。
循环系统
氟喹诺酮类药物导致的循环系统反应主要表现为心慌、胸闷、全身乏力、心率加快、心音强弱不等、室上性心动过速等。所有的氟喹诺酮类药物均有潜在的QTc间期延长作用，严重程度不同，轻至无症状的、无临床意义的QTc延长，重至发展为尖端扭转性室速。
格帕沙星与7例心脏猝死及数例尖端扭转性室速可能有关，已从市场撤除；一项研究显示，880例服用司氟沙星的患者QTc间期从基线平均延长3%；一项监测75000例服用司氟沙星的患者的研究表明，有7例发生严重心血管系统反应。
肝脏
氟喹诺酮药物的肝毒性发生率不高，但有些较严重，如曲伐沙星的肝毒性有时甚至可致命，这限制了它的应用；应用司氟沙星和格林沙星的病人有2%~16%出现转氨酶升高；克林沙星因其肝毒性所造成严重的后果，已停止研制。
神经系统
新氟喹诺酮类药物治疗期间出现的中枢神经系统不良反应比较普遍，通常认为这与药物性质、使用计量、体内阳离子浓度有关。
此类药物所引起的轻微神经毒性包括头痛、头晕、疲劳、失眠、视觉异常、坐立不安和噩梦等。严重的神经毒性反应则可表现为神经疾病反应，如幻觉、抑郁和惊觉。据报道，接受加替沙星、吉米沙星及莫西沙星治疗的病人，头晕的发生率相似，均在1%~5%；一项入选了6000余人的曲伐沙星临床试验表明，有11%的晕，因此病人在治疗期间不能开车和操纵机器。此外，曲伐沙星还有神经兴奋作用，故有潜在的致病性或神经心理疾病倾向的病人应避免使用。
软骨及肌腱
动物实验表明，氟喹诺酮类药物对所有幼龄动物均有潜在的关节软骨毒性，而对成龄动物的关节软骨毒性作用则不明显。由于在动物试验中发现使用临床治疗计量可导致幼龄动物出现软骨损伤，因此严格规定喹诺酮类药物儿科禁用并且该类药物可分泌到母乳中，应避免在孕妇及哺乳妇女中使用。
法国的研究资料显示，培氟沙星是引起肌腱炎最常见的氟喹诺酮类药物。一项针对400例病例的分析发现，在以氧氟沙星、诺氟沙星、环丙沙星和培氟沙星治疗的病人中，均伴有肌腱炎或肌腱损伤，其中大多数病人是60岁以上的老年人，肌腱损伤的出现从开始治疗到症状发作大约在1~150天左右。
严格配伍合理应用
新喹诺酮类药物的联用与禁忌也较多，只有充分认识其利与弊，严格掌握适用范围，科学配伍，合理应用，才能发挥其应有疗效。
氟喹诺酮类药物与丙磺舒同服能提高血药浓度及延长半衰期；与β内酰胺类和氨基糖苷类抗生素联用有协同作用，对肠杆菌、革兰氏阳性菌及部分绿脓杆菌作用增强；与亚胺硫霉素和丁胺卡那霉素联用，对绿脓杆菌作用增强；与克林霉素联用，对链球菌，葡萄球菌有协同作用，对革兰氏阳性细菌的作用增强。而与利福平合用使喹诺酮类药物抗菌活性降低，甚至消失；与茶碱合用可使茶碱血药浓度升高，而出现茶碱的中毒反应；与抗胆碱药、碱性药、H2受体阻滞剂配伍，致使喹诺酮类药物吸收不完全或形成结晶等；与万古霉素合用可导致肾毒性增加，出现肾小管上皮损害、蛋白尿等中毒症状；与氯霉素、红霉素合用，可导致效用降低，同时对肝肾功能及神经系统的不良反应会进一步加重；与阿霉素，呋喃妥因合用会增加毒性，且对肾功能不全者损害更大。
